医疗证明专用章在符合相关规定和流程的情况下是有效的。以下是对这一问题的详细解答：
首先，医疗证明专用章是医疗机构为了出具具有法律效力的医疗证明文件而专门刻制的印章。这些医疗证明文件，如死亡医学证明、出生医学证明等，在法律上具有特定的效力和用途，因此，其专用章的使用也受到严格的规范和管理。
从您提供的参考信息中，我们可以看到：
乐清市卫生健康局关于启用浙江省死亡医学证明(推断)书专用章新印章的通知中明确提到，为了规范死亡医学证明的管理，新刻制了浙江省死亡医学证明(推断)书专用章，并要求各医疗机构签章使用。这表明，在特定情境下，医疗证明专用章的启用是经过官方批准和规范的，具有法律效力。
国家卫生健康委办公厅关于进一步加强医学证明文件类医疗文书管理工作的通知中也强调了医疗文书管理制度的重要性，包括完善医疗文书管理制度、统一医疗文书开具内容、规范医疗文书开具行为、加强医疗文书核查管理以及压实医疗文书开具责任等方面。这些措施共同确保了医疗证明文件的真实性和有效性，从而也保障了医疗证明专用章的法律效力。
具体来说，医疗证明专用章的有效性取决于以下几个方面：
印章的合法性：医疗证明专用章必须是由合法医疗机构按照相关规定刻制并启用的，且印章的样式、名称等必须符合官方要求。
使用流程的规范性：医疗证明专用章的使用必须遵循严格的流程，包括医疗文书的开具、审核、用章等环节。只有符合规定流程的医疗证明文件才能加盖专用章，从而确保其法律效力。
内容的真实性：医疗证明文件的内容必须真实、准确、完整，且符合相关法律法规和医疗规范的要求。只有内容真实的医疗证明文件才能加盖专用章，否则将可能面临法律责任。
综上所述，医疗证明专用章在符合相关规定和流程的情况下是有效的。如果您需要使用医疗证明专用章，请务必确保印章的合法性、使用流程的规范性以及内容的真实性。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询相关医疗机构或法律专业人士。