关于疾病证明书盖章不明显是否有效的问题，这主要取决于盖章的清晰度和是否符合相关管理规定。

首先，我们要明确的是，疾病证明书作为一种重要的医疗文书，其盖章的清晰度是至关重要的。一个清晰、明确的印章能够确保证明书的真实性和有效性，便于相关部门或机构进行核实和认可。如果印章不明显，可能会导致证明书在审核过程中被质疑其真实性，从而影响其法律效力。

其次，从医疗机构的管理规定来看，医疗文书的盖章需要遵循严格的管理流程。根据国家卫生健康委发布的《关于进一步加强医学证明文件类医疗文书管理工作的通知》，医疗机构应当规范医疗文书的开具行为，并明确医疗文书的专用印章。负责医疗文书用章工作的人员需要认真核对医疗文书内容，确认其符合本机构管理要求后，方可予以用章。这意味着，如果印章不明显或不符合规定，用章人员有权拒绝盖章，以确保医疗文书的规范性和有效性。

此外，对于疾病证明书的具体盖章要求，不同医疗机构可能有所不同。但一般来说，住院患者的疾病诊断证明书应由住院处统一盖印“住院诊断证明章”，门诊患者的诊断证明则由门诊部盖章生效。这些印章都具有相应的法律效力，但前提是盖章必须清晰、明确。

因此，如果疾病证明书上的盖章不明显，可能会影响其法律效力。 为了确保疾病证明书的有效性，建议您在办理相关手续时，仔细检查印章的清晰度，并确保其符合医疗机构的管理规定。如果发现印章不明显或存在问题，应及时与医疗机构沟通并重新盖章，以避免不必要的麻烦和损失。