针对您提出的“盖了章在写字的医院证明是否有效以及该怎么办”的问题，我会结合国家卫生健康委办公厅的相关通知以及一般法律原则，为您做出详细解答。
首先，我们需要明确的是，医疗证明文件的有效性主要取决于其内容的真实性、合理性以及开具流程的合规性。盖章是证明文件真实性和合法性的一个重要环节，但盖章本身并不直接决定证明文件的有效性。如果证明文件的内容是真实的、合理的，并且开具流程符合相关规定，那么即使盖章和写字的顺序不是常规的“先写字后盖章”，这份证明文件在法律上仍然是有效的。
然而，在实际操作中，我们强烈建议遵循“先写字后盖章”的常规流程。这是因为，一旦在空白纸上盖了章，该纸张就可能被他人恶意利用，填写虚假内容后进行扫描、复印或传真，从而伪造出具有法律效力的文件。这种伪造的文件不仅可能给医院带来严重的法律后果，如承担不必要的债务、责任或损失，还可能对患者的权益造成损害。
如果您已经遇到了“盖了章在写字”的情况，并且担心这份证明文件的有效性，我建议您采取以下措施：
与医院沟通：首先，您可以与开具证明文件的医院进行沟通，说明您的情况和担忧。医院可能会根据您的具体情况，提供一份新的、符合常规流程的证明文件。
补充说明或更正：如果医院认为这份证明文件在内容上没有问题，只是盖章和写字的顺序不符合常规，那么您可以要求医院在证明文件上补充说明或更正，以明确这份证明文件的真实性和合法性。
法律咨询：如果您对这份证明文件的有效性仍然存在疑虑，或者担心可能因此产生的法律后果，那么您可以咨询专业的法律人士，以获取更具体的法律建议。
最后，我想强调的是，医疗机构应当严格遵守医疗文书管理制度，规范开具医疗文书的行为。这不仅是保障患者权益的需要，也是医疗机构自身合法合规运营的重要保障。因此，无论是医院还是患者，都应该重视医疗证明文件的开具和管理流程。