公司内部查员工的流水是否违法，需视具体情况而定。以下是对此问题的详细分析：
一般情况下，公司未经授权查员工流水违法
- 侵犯隐私权：员工的流水记录包含了个人财务信息，如交易金额、交易对象等，这些信息属于个人隐私范畴。根据《中华人民共和国民法典》第一千零三十二条，自然人享有隐私权，任何组织或者个人不得以刺探、侵扰、泄露、公开等方式侵害他人的隐私权。因此，公司未经员工明确同意，擅自查询其流水，构成对员工隐私权的侵犯。
- 侵犯个人信息权益：流水信息也是个人信息的一部分。《中华人民共和国民法典》第一千零三十四条明确规定，自然人的个人信息受法律保护。个人信息中的私密信息，适用有关隐私权的规定。公司擅自获取员工流水，违反了相关法律规定，侵害了员工的个人信息权益。
- 法律后果：如果公司侵犯了员工的隐私权，员工有权向公安机关报案，责任人可能面临拘留或罚款的处罚。员工还可以通过协商、仲裁或诉讼等方式来维护自己的隐私权，要求公司承担侵权责任。
特殊情况下，公司查员工流水可能不违法
- 基于合法目的且经过合法程序：如果公司怀疑员工存在严重违反公司规章制度或法律法规的行为，如利用公司资源进行违规交易、侵占公司财产等，且该行为与公司的正常经营管理秩序或合法利益密切相关，同时公司需在规章制度中明确规定，在特定情况下有权对员工的相关信息进行调查，并确保该规章制度经过民主程序制定并向员工公示，调查时应尽量缩小范围，仅获取与调查事项相关的必要信息，并采取合理措施保护员工的隐私和个人信息安全，那么在这种情况下，公司查员工流水可能不构成违法。
- 配合司法机关调查：如果司法机关因办理案件需要，依法要求公司协助提供员工的流水信息，公司按照司法程序和要求予以配合，则这种行为是合法的。
建议：
- 对于公司：在处理员工个人信息时，应严格遵守相关法律法规，确保行为的合法性和正当性。如果需要调查员工流水，应确保基于合法目的、经过合法程序，并尽量缩小调查范围，保护员工隐私。
- 对于员工：应了解自己的合法权益，并在必要时采取法律手段进行维权。如果公司未经同意擅自查询其流水，员工可以向公安机关报案或通过协商、仲裁、诉讼等方式维护自己的隐私权和个人信息权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。