结论前置：在租赁合同纠纷中，若签租赁合同及付款的主体均为综合改造工程指挥部，一般情况下，诉讼主体可以将指挥部作为被告，但具体还需根据指挥部的法律地位和性质来判断。
详细分析：
指挥部的法律地位：
- 综合改造工程指挥部可能是由政府或相关机构设立的临时机构，用于负责特定项目的改造工程。其法律地位和性质可能因设立主体、设立目的和具体职责的不同而有所差异。
- 如果指挥部是依法设立并具有独立法人资格的机构，那么它具备独立的民事行为能力和责任能力，可以作为诉讼主体被起诉。
- 如果指挥部只是政府或相关机构的一个内部部门或临时机构，没有独立的法人资格，那么其民事行为能力和责任能力可能归属于设立它的主体（如政府或相关机构）。在这种情况下，可能需要将设立指挥部的主体作为被告。
合同签订和付款主体：
- 既然签租赁合同及付款的主体都是综合改造工程指挥部，这表明指挥部在合同关系中扮演了重要角色。如果指挥部具有独立的法人资格，那么它自然是合同的一方当事人，可以作为被告。
- 如果指挥部没有独立的法人资格，但合同上明确标注了指挥部为合同签订和付款主体，且在实际操作中也是由指挥部进行合同签订和付款的，那么这可能构成表见代理或类似法律情形。在这种情况下，虽然法律上可能将设立指挥部的主体视为合同当事人，但指挥部作为实际操作者也可能被卷入诉讼中，具体取决于法院的判决和案件的具体情况。不过，从诉讼策略的角度来看，将具有独立法人资格的设立主体（如政府或相关机构）作为被告可能更为稳妥。
诉讼实践中的考虑：
- 在诉讼实践中，法院会综合考虑指挥部的法律地位、性质、合同签订和付款情况等因素来判断是否可以将指挥部作为被告。
- 如果指挥部没有独立的法人资格，但其在合同签订和履行过程中起到了关键作用，且对方当事人在签订合同时也明知或应知指挥部的情况，那么法院可能会根据实际情况将指挥部或其设立主体作为被告。
法律建议：
- 在决定是否将综合改造工程指挥部作为被告时，建议先调查清楚指挥部的法律地位和性质，包括其是否具有独立的法人资格、设立主体是谁等。
- 如果指挥部具有独立的法人资格，那么可以直接将其作为被告提起诉讼。
- 如果指挥部没有独立的法人资格，但合同上明确标注了指挥部为合同签订和付款主体，且在实际操作中也是由指挥部进行的，那么可以考虑将设立指挥部的主体作为被告，并在诉讼中说明指挥部的实际作用和情况。
- 在诉讼过程中，要充分准备证据，包括合同、付款凭证、指挥部的相关文件等，以证明自己的主张。
可能法律后果：
- 如果将具有独立法人资格的指挥部作为被告并胜诉，那么指挥部将承担相应的民事责任。
- 如果将没有独立法人资格的指挥部作为被告但败诉，或者法院认为应该将设立指挥部的主体作为被告，那么可能需要重新提起诉讼或面临其他不利后果。因此，在决定诉讼主体时务必谨慎。
如有进一步疑问或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。