结论：公账往法人打款超5万并标注为工资，在符合相关法律法规和公司财务制度的前提下是合法的，但需注意税务合规性、款项性质真实性以及公司内部决策程序等问题。以下是对该问题的详细分析：

一、合法性基础

1. 工资支付规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。工资支付通常通过公司账户进行，以确保资金流动的透明性和合规性。
   • 如果法人同时也是公司的员工，且其工资符合劳动合同约定和公司薪酬制度，那么公司通过公账向法人支付工资是合法的。

2. 款项性质与金额：

   • 款项标注为“工资”时，应确保该款项确实属于法人的劳动报酬，而非其他性质的资金往来（如分红、借款等）。
   • 金额大小并非决定合法性的关键因素，但大额支付可能引发税务、审计等方面的关注，因此需确保支付行为的合理性和合规性。

二、需注意的问题

1. 税务合规性：

   • 公司向法人支付工资时，需按照税法规定代扣代缴个人所得税。如果未依法纳税，可能面临税务处罚。
   • 大额工资支付可能增加公司的税务负担，需提前规划税务策略，确保合规性。

2. 款项性质真实性：

   • 确保支付的款项确实为工资，而非其他性质的资金。如果款项性质不实，可能涉及虚假记账、偷逃税款等违法行为。
   • 公司应建立完善的财务制度，对工资支付进行规范管理，确保款项性质的真实性和准确性。

3. 公司内部决策程序：

   • 如果法人同时担任公司高管或董事等职务，其工资支付可能涉及公司内部决策程序（如董事会决议、股东会决议等）。
   • 公司应确保工资支付决策程序的合法性和合规性，避免因决策程序不当而引发的法律风险。

三、建议与措施

1. 完善公司财务制度：

   • 建立规范的工资支付流程，明确工资支付的标准、时间、方式等要素。
   • 对工资支付进行记录和管理，确保资金流动的透明性和可追溯性。

2. 加强税务合规管理：

   • 依法代扣代缴个人所得税，确保税务合规性。
   • 定期进行税务自查和审计，及时发现并纠正潜在的税务问题。

3. 咨询专业意见：

   • 如果对工资支付的法律合规性存在疑问，建议咨询专业律师或税务师的意见。
   • 根据专业意见调整工资支付策略和管理制度，确保合法合规。

后续思考：在实际操作中，公司应密切关注相关法律法规的变化和税务政策的调整，及时调整工资支付策略和管理制度。同时，加强与法人之间的沟通和协调，确保工资支付的合理性和合规性。如果您在工资支付方面遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询。