公司用房产抵消个人借给公司的借款，在符合法律规定和程序的前提下，是合法的。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律背景与依据
《中华人民共和国民法典》的相关规定：
- 根据《民法典》的相关规定，债务的清偿方式可以包括以物抵债。当债务人无法以货币形式清偿债务时，经与债权人协商一致，可以用其他财产（如房产）来抵偿债务。
- 同时，《民法典》也强调了意思自治原则，即民事主体有权根据自己的意愿设立、变更、终止民事法律关系。因此，在公司与个人之间，如果双方就以房产抵债达成一致，且该行为不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该行为是有效的。
房产抵债的合法性条件：
- 房产必须属于公司合法所有，且不存在权属争议或限制转让的情形（如被查封、抵押等）。
- 双方必须签订书面的以物抵债协议，明确抵债房产的具体信息、抵债金额、交付时间等关键条款。
- 抵债行为必须遵循公平、自愿、等价有偿的原则，不得损害国家、集体或第三人的利益。
二、实际操作中的注意事项
房产评估与价值确定：
- 在以房产抵债前，应对房产进行专业评估，以确定其市场价值。这有助于确保抵债行为的公平性和等价性。
- 如果房产价值高于借款金额，双方可以协商确定差额的处理方式（如返还现金或签订补充协议）。
产权过户与税费缴纳：
- 双方应按照相关法律法规的规定，办理房产的产权过户手续。这包括签订买卖合同、缴纳税费、办理产权登记等。
- 税费缴纳是产权过户的重要环节，双方应明确各自应承担的税费种类和金额，并按时缴纳。
合同条款的明确性与完整性：
- 以物抵债协议应详细列明双方的权利和义务，包括房产的交付时间、方式、质量标准等。
- 协议中还应包含违约责任条款，以明确一方违约时应承担的法律责任。
三、可能存在的法律风险与防范
房产权属不清的风险：
- 如果房产存在权属争议或限制转让的情形，可能导致抵债行为无效或无法履行。因此，在签订以物抵债协议前，应对房产的权属状况进行充分调查。
合同条款不完备的风险：
- 如果合同条款存在漏洞或不明确之处，可能导致双方在履行过程中产生争议。因此，建议双方在签订协议前咨询专业律师，确保合同条款的完备性和明确性。
税务风险：
- 房产过户涉及多种税费，如契税、个人所得税等。如果双方未按时缴纳税费或存在偷税漏税行为，可能面临税务处罚。因此，建议双方在办理产权过户前咨询税务部门或专业律师，确保税费的合法缴纳。
总结与建议：公司用房产抵消个人借给公司的借款，在符合法律规定和程序的前提下是合法的。但为了确保抵债行为的合法性和有效性，建议双方在签订以物抵债协议前咨询专业律师，对房产的权属状况、价值评估、合同条款以及税费缴纳等方面进行充分了解和准备。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。