核心结论：针对“一方有证另一方连续经营几十年”的情况，具体处理方式需结合经营项目性质、许可证类型、双方行为性质等因素综合判断，常见处理方向包括协商解决、行政投诉、民事诉讼等。以下分情况详细说明：

1. 若许可证为“经营性许可”（如营业执照、行业经营许可证等）

• 情况分析：
  若一方持有合法许可证，另一方无证但长期实际经营，可能涉及“无证经营”或“借用资质”问题。根据《市场主体登记管理条例》《行政许可法》等规定，无证经营可能面临行政处罚（如罚款、没收违法所得、责令停业等）；若双方存在资质借用关系，还可能涉及“挂靠经营”的违法性（如建筑、医疗等领域明确禁止挂靠）。
• 处理建议：
  
  • 协商解决：双方可协商由无证方通过合法途径（如设立新主体、股权转让等）取得经营资质，或由有证方吸收无证方的经营成果（如资产、客户等）。
    
  • 行政投诉：有证方可向市场监管部门举报无证方非法经营，要求查处；无证方也可主动补办证件或与有证方合作合规化。
    
  • 民事诉讼：若因无证经营导致有证方损失（如客户流失、声誉损害），可起诉要求赔偿；若双方存在合作协议，可依据合同约定主张权利。

2. 若许可证为“专营性许可”（如烟草专卖零售许可证、危险化学品经营许可证等）

• 情况分析：
  专营许可通常具有严格的地域、数量限制，且禁止转让、出租。若一方持证但未实际经营，另一方无证经营，可能构成“许可证件出租”或“非法经营”。根据《烟草专卖法》《危险化学品安全管理条例》等，出租方可能面临吊销许可证、罚款等处罚，无证方可能被追究刑事责任（如非法经营罪）。
• 处理建议：
  
  • 立即整改：双方应停止违法经营行为，有证方收回许可证并自行经营或注销；无证方应停止经营并补办手续（若符合条件）。
    
  • 行政举报：任何一方均可向行业主管部门举报对方违法行为，由行政部门查处。
    
  • 刑事风险防范：若无证经营数额较大或情节严重，可能涉嫌犯罪，建议提前咨询律师评估风险。

3. 若涉及“历史遗留问题”（如早期因政策宽松未要求办证）

• 情况分析：
  若经营行为始于许可证制度实施前，且长期未被查处，可能形成“事实经营”状态。但根据“法不溯及既往”原则，早期行为可能不违法，但现行经营仍需符合资质要求。
• 处理建议：
  
  • 补办证件：向主管部门说明历史情况，申请补办许可证（如符合现行条件）。
    
  • 协商或诉讼：若双方对经营权归属有争议，可协商签订合作协议明确权利义务，或通过诉讼确认经营权归属（需结合证据如合同、缴费记录、客户认可等）。

4. 若涉及“家庭共有经营”或“合伙关系”

• 情况分析：
  若双方为家庭成员或合伙关系，可能因内部约定不明导致“名义持证”与“实际经营”分离。此时需结合合伙协议、出资记录、经营决策参与度等证据判断实际权利义务。
• 处理建议：
  
  • 完善协议：签订书面合伙协议或家庭财产协议，明确许可证归属、经营权分配及收益分成。
    
  • 变更登记：若实际经营方应成为持证主体，可办理许可证变更手续（如个体工商户经营者变更、公司股权转让等）。

温馨提示：具体处理需结合许可证类型、经营行业、双方行为细节等综合判断，建议提供更多信息（如许可证名称、经营项目、双方关系等）以便进一步分析。如有疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况给出详细方案。