结论：公司二审当庭逾期提交考勤证据，员工不予质证，法官未释明法律后果，不能直接视为员工放弃质证权利，但可能影响证据的采纳及案件的审理结果，需结合具体情况分析。以下从不同角度详细阐述：
一、从质证权利的角度分析
质证权利的放弃需明确表示：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，质证是当事人的法定权利，放弃质证权利通常需要当事人明确表示或通过其行为明确表明放弃，如无正当理由拒不到庭质证等。
- 仅因员工对逾期提交的证据不予质证，并不能直接推断为员工放弃了质证权利。员工可能基于多种原因（如认为证据已过举证期限、证据与案件无关等）选择不予质证，但这并不等同于放弃质证权利。
法官未释明法律后果的影响：
- 法官在庭审中有义务确保诉讼程序的公正性和效率性，包括向当事人释明相关法律后果。然而，法官未释明逾期提交证据的法律后果，并不直接导致员工放弃质证权利。
- 员工作为诉讼主体，应主动了解并行使自己的诉讼权利，包括质证权利。法官未释明法律后果，并不免除员工主动质证的责任。
二、从证据采纳的角度分析
逾期提交证据的处理：
- 根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》，当事人逾期提供证据的，人民法院应当责令其说明理由；拒不说明理由或者理由不成立的，人民法院根据不同情形可以不予采纳该证据，或者采纳该证据但予以训诫、罚款。
- 在本案中，公司二审当庭逾期提交考勤证据，法官有权根据公司说明的理由及案件情况决定是否采纳该证据。
员工不予质证对证据采纳的影响：
- 员工不予质证，可能使法官在审查证据时缺乏对方的反驳意见，从而影响法官对证据真实性和关联性的判断。
- 然而，法官在决定是否采纳证据时，应综合考虑证据的合法性、真实性、关联性以及案件的具体情况，而非仅依据员工是否质证。
三、从诉讼策略的角度分析
公司应谨慎对待逾期提交证据：
- 公司应严格遵守举证期限，避免逾期提交证据。如确需逾期提交，应提前向法院说明理由，并尽可能提供充分证据证明逾期提交的必要性。
- 逾期提交证据可能面临证据不被采纳的风险，甚至可能受到法院的训诫或罚款。
员工应积极行使质证权利：
- 员工在收到对方提交的证据后，应及时审查并准备质证意见。如认为证据存在瑕疵或与案件无关，应在庭审中明确提出并说明理由。
- 员工不予质证可能使自己失去反驳对方证据的机会，从而影响案件的审理结果。
四、特殊情况下的处理
- 如公司能证明逾期提交证据的合理性：如因不可抗力或客观原因无法按时提交证据，且公司能提供充分证据证明其合理性，法官可能酌情采纳该证据。
- 如员工明确表示放弃质证权利：在极少数情况下，如员工明确表示放弃质证权利，并签署相关书面文件，法官可能视为员工放弃质证权利，并据此审理案件。
建议：公司应严格遵守举证期限，避免逾期提交证据；员工应积极行使质证权利，对对方提交的证据及时审查并准备质证意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。