业主单位自主选择中标单位是否合法，需分情况讨论：

1. 在符合法定招标程序的前提下：

   • 如果业主单位（即招标人）在招标过程中严格遵守了《中华人民共和国招标投标法》及相关法律法规的规定，包括但不限于发布招标公告、编制招标文件、组织开标、评标和定标等环节，且整个过程公开、公平、公正，没有违反法律规定的程序或原则，那么业主单位在评标委员会推荐的中标候选人中自主选择中标单位是合法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国招标投标法》第四十条：“评标委员会应当按照招标文件确定的评标标准和方法，对投标文件进行评审和比较；设有标底的，应当参考标底。评标委员会完成评标后，应当向招标人提出书面评标报告，并推荐合格的中标候选人。招标人根据评标委员会提出的书面评标报告和推荐的中标候选人确定中标人。招标人也可以授权评标委员会直接确定中标人。”

2. 在违反法定招标程序或原则的情况下：

   • 如果业主单位在招标过程中存在违法行为，如未按照法定程序发布招标公告、编制招标文件存在歧视性条款、组织开标、评标和定标过程中存在不公正行为等，或者业主单位未按照评标委员会的推荐确定中标人，而是擅自选择了其他单位作为中标人，那么这种自主选择中标单位的行为就是违法的。
   • 法律后果：根据《中华人民共和国招标投标法》的相关规定，业主单位可能会面临行政处罚，包括但不限于罚款、没收违法所得、责令改正等。同时，如果因违法行为给投标人造成损失的，业主单位还可能需要承担民事赔偿责任。

建议与提醒：

• 对于业主单位而言，在招标过程中应严格遵守法律法规的规定，确保招标程序的公开、公平、公正，避免因违法行为而引发法律纠纷和损失。
• 对于投标人而言，如果发现业主单位在招标过程中存在违法行为，可以向相关行政监督部门投诉或举报，以维护自己的合法权益。

进一步思考：

• 在实际操作中，业主单位应建立健全的招标管理制度和内部控制机制，确保招标过程的规范性和合法性。
• 同时，投标人也应加强对招标文件的审查和理解，提高投标文件的质量和竞争力，以更好地应对招标过程中的各种挑战和机遇。

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