公司使用其他企业的肥料登记证生产肥料是不合法的。以下从几个关键角度为你详细分析：
从肥料登记管理制度角度
根据我国《肥料登记管理办法》，国家实行肥料产品登记管理制度。未经登记的肥料产品不得进口、生产、销售和使用，不得进行广告宣传。肥料登记证是特定企业基于其生产条件、技术能力、产品质量控制体系等要素，经行政主管部门审查后获得的行政许可。该登记证具有严格的企业专属性和产品对应性，仅允许登记证载明的企业生产对应登记的肥料产品。若公司擅自使用其他企业的登记证，实质是冒用他人行政许可资质，违反了登记管理制度的核心要求。
从行政处罚角度
根据《肥料登记管理办法》第二十七条，有下列情形之一的，由县级以上农业行政主管部门给予警告，并处违法所得3倍以下罚款，但最高不得超过30000元；没有违法所得的，处10000元以下罚款：
（一）生产、销售未取得登记证的肥料产品；
（二）假冒、伪造肥料登记证、登记证号的；
（三）生产、销售的肥料产品有效成分或含量与登记批准的内容不符的。
公司使用其他企业的肥料登记证生产肥料，属于“假冒、伪造肥料登记证”的情形，将面临上述行政处罚。
从民事法律责任角度
若因使用他人登记证生产肥料导致农户或其他使用者遭受损失（如农作物减产、土壤污染等），公司需承担侵权赔偿责任。根据《民法典》第一千一百六十五条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。此外，若其他企业因登记证被冒用导致商誉受损或经济损失，亦可向公司主张赔偿。
从刑事法律风险角度
若公司通过伪造、变造肥料登记证或公章等手段实施上述行为，且情节严重（如涉案金额巨大、造成重大安全事故等），可能触犯《刑法》第二百八十条（伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章罪）或第二百二十五条（非法经营罪），面临刑事追责。
建议：若公司需生产肥料，应依法独立申请肥料登记证，确保生产资质合法；若已存在违规行为，应立即停止生产、销毁违规产品，并主动向农业主管部门说明情况，争取从轻处理。如有进一步疑问，欢迎随时向我咨询。