针对现役军人半夜打电话骚扰、发侮辱恐吓短信的行为，可按以下步骤处理：

1. 固定证据
   立即保存所有通话记录、短信内容（包括时间、发送号码、具体内容），必要时可对骚扰过程进行录音或录像。若对方使用虚拟号码或匿名方式，可联系运营商协助调取实名信息（需通过警方或法律程序）。

2. 向部队内部举报
   根据《中国人民解放军纪律条令》及《刑法》相关规定，现役军人违反军纪或触犯刑法（如侮辱罪、寻衅滋事罪），可通过以下途径处理：

   • 向其所在部队的纪检部门或保卫部门举报，部队有权依据军纪对涉事军人进行处分（如警告、记过、开除军籍等）；
     
   • 若行为涉嫌犯罪（如长期骚扰、威胁人身安全），部队会将其移交地方公安机关立案侦查。

3. 向公安机关报案
   若部队处理未果或对方行为已严重侵犯人身权益（如持续恐吓、泄露隐私），可直接向当地公安机关报案，要求立案调查。根据《治安管理处罚法》第42条，发送侮辱、恐吓信息干扰他人正常生活的，可处5日以下拘留或500元以下罚款；情节较重的，处5-10日拘留并罚款。

4. 提起民事诉讼
   若骚扰行为造成精神损害或名誉损失，可向法院提起民事侵权诉讼，要求对方停止侵害、赔礼道歉、赔偿损失（如医疗费、精神抚慰金等）。需注意：现役军人作为被告时，法院可能需通过其所在部队送达法律文书。

5. 特殊情形处理

   • 若对方是配偶或恋人：可能涉及《民法典》第1042条“禁止家庭暴力”条款，可向法院申请人身安全保护令；
     
   • 若对方利用职务之便威胁：可能涉及滥用职权罪，需向部队军事检察院举报。

行动建议：优先通过部队内部渠道解决（效率较高），若无效则立即报警并保留证据。如需进一步协助，可直接向我咨询具体操作流程或证据固定方法。