结论：公司每月从5500元工资中压1000元工资的做法是否合法，取决于这一行为是否符合相关法律法规中关于工资支付的规定，一般情况下，这种做法是不合法的。以下从不同角度进行分析：
一、法律法规角度
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，公司应当按照劳动合同约定的工资数额，全额、按时支付给劳动者，而不得随意扣减。
克扣工资的定义：克扣工资是指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资（即在劳动者已提供正常劳动的前提下用人单位按劳动合同规定的标准应当支付给劳动者的全部劳动报酬）。公司每月从工资中压1000元，若未经劳动者同意且无正当理由，即构成克扣工资。
合法扣减的情形：当然，也存在一些合法扣减工资的情形，如代扣代缴个人所得税、社会保险费等。但这些扣减必须基于法律法规的规定，且扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。若公司压工资的行为不属于这些合法扣减情形，则构成违法。
二、实际操作角度
在实际操作中，公司压工资的行为可能涉及多种目的，如作为押金、保证金或用于其他非法定用途。这些行为均违反了法律法规的规定，损害了劳动者的合法权益。
作为押金或保证金：根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。因此，公司以压工资的方式作为押金或保证金是违法的。
用于其他非法定用途：若公司压工资的行为并非出于合法扣减的目的，而是用于其他非法定用途，如公司资金周转等，这同样违反了法律法规的规定，损害了劳动者的合法权益。
三、法律后果与建议
法律后果：若公司存在克扣工资的行为，劳动者有权向劳动行政部门投诉，劳动行政部门将依法给予公司行政处罚。同时，劳动者还有权要求公司支付被克扣的工资，并可能要求公司支付赔偿金。
建议：
举例说明：假设小张的月工资为5500元，但公司每月从其工资中扣减1000元作为“押金”。小张在了解相关法律法规后，认为公司的这一行为是违法的，于是向公司提出异议并要求全额支付工资。若公司拒绝支付，小张可以向当地的劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。
总结：公司每月从工资中压1000元的行为，若未经劳动者同意且无正当理由，则构成克扣工资，是违法的。劳动者有权要求公司全额支付工资，并可以通过协商、投诉、劳动仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。