结论：是否还能再起诉，关键在于双方是否就债务结清达成了明确且合法的协议。若协议明确且合法，一般不能再起诉；若协议存在瑕疵或未达成有效协议，则可能仍可起诉。以下从不同情况进行分析：

1. 若双方已就债务结清达成明确且合法的协议：

   • 法律背景：根据《民法典》的相关规定，民事主体之间可以就债务的清偿达成协议。一旦协议达成并履行，即视为债务已经结清，双方之间的债权债务关系消灭。
   • 具体分析：在此情况下，如果你已经接受了对方支付的5000元，并且双方明确约定这5000元是作为1万元债务的结清，且该协议没有违反法律法规的强制性规定，也没有欺诈、胁迫等情形，那么这份协议就是合法有效的。你不能再就剩余的5000元向对方提起诉讼。
   • 建议：如果你已经接受了这样的协议，并且确实认为债务已经结清，那么建议保留好相关证据，如协议文本、转账记录等，以备不时之需。

2. 若双方未就债务结清达成明确协议，或协议存在瑕疵：

   • 法律背景：如果双方没有就债务的清偿达成明确的协议，或者协议存在瑕疵（如未签字、未盖章、存在欺诈或胁迫等情形），那么这份协议可能不具有法律效力。
   • 具体分析：在此情况下，如果你虽然接受了对方支付的5000元，但双方并未明确约定这5000元是作为1万元债务的结清，或者协议存在上述瑕疵，那么你可能仍然有权就剩余的5000元向对方提起诉讼。因为此时，双方之间的债权债务关系并未因部分履行而消灭。
   • 建议：如果你认为双方并未就债务结清达成明确协议，或者协议存在瑕疵，那么建议尽快收集相关证据，如聊天记录、转账记录、证人证言等，以证明你的主张。同时，也可以考虑与对方进行协商，看是否能够达成新的协议来明确债务的清偿方式。

3. 若对方支付5000元时存在欺诈、胁迫等情形：

   • 法律背景：根据《民法典》的相关规定，一方以欺诈、胁迫的手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方或受胁迫方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
   • 具体分析：在此情况下，如果你接受对方支付的5000元是在被欺诈或胁迫的情况下进行的，那么你有权请求撤销这份协议，并就剩余的5000元向对方提起诉讼。
   • 建议：如果你认为自己在接受对方支付5000元时存在被欺诈或胁迫的情形，那么建议尽快收集相关证据，如聊天记录、录音录像、证人证言等，以证明你的主张。同时，也可以考虑向公安机关报案或向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。

总结与进一步思考：在处理此类债务纠纷时，关键在于双方是否就债务的清偿达成了明确且合法的协议。如果协议明确且合法，那么一般不能再起诉；如果协议存在瑕疵或未达成有效协议，或者存在欺诈、胁迫等情形，那么可能仍可起诉。因此，在处理此类问题时，建议务必保留好相关证据，并咨询专业律师的意见以维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。