结论：在一起两年欠一万还了五千的情况下，你仍然有权起诉要求对方偿还剩余的五千元债务。
法律背景与解释：
债权债务关系：根据一般的法律原则，当一方（债权人）向另一方（债务人）提供借款或服务，而债务人未按照约定完全履行还款或支付义务时，债权人有权要求债务人继续履行，即偿还剩余的债务。在你的情况中，原始债务是一万元，已经偿还了五千元，因此剩余的五千元债务仍然存在，你有权要求对方偿还。
诉讼时效：虽然你提到债务已经存在两年，但通常民间借贷的诉讼时效期间为三年（具体可能因地区或特殊情况有所不同，但一般原则如此），自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在你的情况中，如果这两年内你一直在向对方追讨债务，或者对方有承认债务的行为，那么诉讼时效可能会中断并重新计算。即使没有这些情况，只要诉讼时效未过期，你仍然可以起诉。
证据收集：为了支持你的诉讼请求，你需要收集并保留好相关证据，如借款合同、借条、转账记录、聊天记录等，这些证据能够证明你与对方之间的债权债务关系以及对方已经偿还的部分债务。
法律建议：
准备起诉材料：在起诉前，你需要准备好起诉状以及相关证据材料，明确你的诉讼请求（即要求对方偿还剩余的五千元债务）和事实理由。
选择管辖法院：根据民事诉讼法规定，民间借贷纠纷一般由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。你可以根据实际情况选择合适的法院进行起诉。
考虑调解或和解：在起诉前或诉讼过程中，你也可以考虑与对方进行调解或和解，以达成一个双方都能接受的还款协议。这不仅可以节省诉讼成本和时间，还能维护双方的关系。
可能的法律后果：
如果胜诉：如果法院最终判决你胜诉，那么对方需要按照判决偿还你剩余的五千元债务。如果对方不履行判决，你还可以申请法院强制执行。
如果败诉：虽然根据你的描述和一般法律原则，你胜诉的可能性较大，但如果因为证据不足或其他原因导致败诉，那么你将无法通过法律途径要求对方偿还剩余债务（当然，如果之后你发现了新的证据，仍然可以再次起诉）。不过，这种情况较为少见，只要你准备充分、证据确凿，胜诉的可能性是很大的。
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