在总价合同中，未施工部分的款项扣除需根据合同约定、实际履行情况及法律规定综合判断，具体处理方式如下：

1. 合同有明确约定时
   若合同中已约定未施工部分的计价方式（如按比例扣除、固定单价扣除或总价包干条款），应优先按合同执行。例如：

   • 合同约定“工程量减少10%以上时，按实际完成量调整总价”，则需根据实际完成比例扣除未施工部分价款；
     
   • 合同采用固定总价且明确“未施工部分不予支付”，则发包方无需支付对应款项。
     法律依据：根据《民法典》第510条，合同生效后未约定或约定不明的事项，可协议补充；无法补充的，按合同相关条款或交易习惯确定。

2. 合同无明确约定时
   若合同未约定扣除方式，需结合以下原则处理：

   • 实际损失原则：发包方需证明未施工部分导致的实际损失（如另行采购成本、工期延误损失等），扣除金额不得超过实际损失范围；
     
   • 公平原则：若未施工部分因发包方原因导致（如设计变更、暂停施工），承包方有权主张调整合同价款或索赔；
     
   • 工程量清单计价规范：若合同引用《建设工程工程量清单计价规范》（GB50500-2013），可参考其中“工程变更”条款计算扣除金额。
     示例：若未施工部分为混凝土浇筑，可按合同约定的混凝土单价乘以未施工量扣除；若合同无单价，可参考市场价或定额标准。

3. 程序性要求

   • 变更通知义务：承包方未施工前，发包方需及时发出变更通知，否则可能承担违约责任；
     
   • 书面确认：双方应就未施工部分的范围、价款调整签署书面文件，避免口头协议引发纠纷；
     
   • 结算审计：若争议较大，可委托第三方造价机构审计，或通过诉讼/仲裁确定扣除金额。
     

风险提示：若发包方单方扣款且无合同依据，可能构成违约；若承包方拒绝扣款且未提供合理理由，可能需承担返工或赔偿损失责任。建议双方在合同履行过程中及时沟通，保留变更记录、施工日志等证据。

如有具体合同条款或案例细节，可进一步提供，我将结合实际情况分析。