结论：协议没有一式两份且有一份甲方没有盖章，该协议的效力需分情况讨论，不一定无效。

分析：

1. 协议形式与效力的基本原则：

   • 一般来说，合同（协议）的效力并不完全取决于其是否一式两份或是否双方都盖章。合同的效力主要取决于合同内容是否合法、双方意思表示是否真实、是否具备合同成立的要件等。
   • 一式两份或更多份的合同，主要是为了双方各执一份作为凭证，便于管理和履行，但并非合同生效的必要条件。

2. 甲方未盖章的情况：

   • 如果甲方已经签字：在许多情况下，签字和盖章具有同等的法律效力。如果甲方已经在协议上签字，即使没有盖章，该协议也可能被视为有效，特别是当甲方已经实际履行了协议中的部分或全部义务时。
   • 如果甲方既未签字也未盖章：这种情况下，协议对甲方来说可能尚未成立或生效，因为甲方没有表达其接受协议条款的意思表示。但是，如果甲方通过其他方式（如口头同意、实际行为等）表明了接受协议的意思，且该意思表示与协议内容一致，那么协议也可能被认定为有效。
   • 特殊情形：对于某些特定类型的合同，如需要公证、登记或批准才能生效的合同，或者法律、行政法规规定必须采用书面形式并由当事人签字、盖章才能生效的合同，如果甲方未盖章，则可能影响合同的效力。

3. 协议的实际履行情况：

   • 即使协议在形式上存在瑕疵（如未一式两份、甲方未盖章），但如果双方已经实际履行了协议中的义务，且履行过程中没有提出异议，那么该协议也可能被视为有效。这是因为实际履行行为可以视为双方对协议内容的认可和接受。

建议：

• 对于乙方：如果担心协议的效力问题，可以与甲方协商补充盖章或签字，或者通过其他方式（如邮件、短信等）确认甲方对协议内容的接受和认可。
• 对于双方：在签订协议时，应尽量确保协议的形式和内容都符合法律要求，以避免后续可能出现的纠纷。如果协议在履行过程中出现问题，应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并寻求合法的解决方案。

后续行动依据：

• 如果协议内容合法、双方意思表示真实，且已经实际履行了协议中的义务，那么该协议很可能被认定为有效。
• 如果协议在形式上存在瑕疵，且双方对协议效力存在争议，那么可能需要通过法律途径（如诉讼、仲裁等）来解决纠纷。在这种情况下，建议双方及时咨询专业律师，了解自己的法律地位和可能的法律后果。