总承包单位在工程多次转包后垫付农民工工资的，一般可向实际用工的转包单位或违法分包人追偿，若无法确定具体责任人，也可视情况向其他相关转包单位主张权利。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律关系与责任主体
总承包单位与农民工的关系：
- 总承包单位与农民工之间通常不存在直接的劳动关系或雇佣关系。农民工一般是由实际施工的转包单位或违法分包人直接雇佣的。
转包单位或违法分包人的责任：
- 根据《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，转包单位或违法分包人作为实际用工主体，对农民工工资的支付负有直接责任。
- 若总承包单位垫付了农民工工资，实际上是在代为履行转包单位或违法分包人的支付义务。
总承包单位的追偿权：
- 总承包单位在垫付工资后，有权向实际用工的转包单位或违法分包人追偿。这是基于总承包单位与转包单位或违法分包人之间的合同关系以及代为履行后的追偿权。
二、追偿的具体情形
向直接用工的转包单位或违法分包人追偿：
- 总承包单位应首先确定直接用工的转包单位或违法分包人，并向其主张追偿权。
- 在追偿过程中，总承包单位需要提供垫付工资的凭证、农民工的雇佣关系证明等相关证据。
向其他相关转包单位主张权利：
- 若无法确定直接用工的转包单位或违法分包人，或者该单位已无力支付工资，总承包单位可考虑向其他相关转包单位主张权利。
- 这通常基于总承包单位与各转包单位之间的合同关系以及共同承担工程责任的原则。但具体能否追偿以及追偿的比例，需根据合同约定和实际情况进行判断。
三、实际操作建议
完善合同条款：
- 总承包单位在与转包单位或违法分包人签订合同时，应明确约定工资支付的责任主体、支付方式、违约责任等条款。
- 这有助于在发生工资垫付情况时，总承包单位能够依据合同条款向相关责任人追偿。
加强过程管理：
- 总承包单位应加强对工程转包过程的管理，确保各转包单位或违法分包人按时足额支付农民工工资。
- 可通过定期检查、要求提供工资支付凭证等方式进行监督。
及时留存证据：
- 在垫付工资时，总承包单位应及时留存相关凭证和证据，如垫付工资的转账记录、农民工的签字确认等。
- 这些证据在后续追偿过程中将起到关键作用。
寻求法律帮助：
- 若在追偿过程中遇到困难或纠纷，总承包单位应及时寻求法律帮助，通过法律途径维护自身权益。
最后需要强调的是，每个工程转包的具体情况可能有所不同，总承包单位在追偿时应根据实际情况进行判断和处理。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。