当被告提出诉讼时效、重复诉讼、主体适格这三个问题时，法官会依据相关法律法规和案件事实，从以下三个方面进行判定：

1. 诉讼时效的判定：

   • 法律依据：法官会首先依据《中华人民共和国民法典》中关于诉讼时效的规定进行判定。诉讼时效是指民事权利受到侵害的权利人在法定的时效期间内不行使权利，当时效期间届满时，债务人获得诉讼时效抗辩权。
   • 判定要点：法官会审查原告的起诉是否超过了法律规定的诉讼时效期间。如果超过了，且被告提出了诉讼时效抗辩，法官通常会驳回原告的诉讼请求，除非存在诉讼时效中断、中止等法定情形。
   • 实例说明：假设一起合同纠纷案件，合同约定履行期限为2020年1月1日，而原告在2023年5月1日才提起诉讼，且没有诉讼时效中断、中止的情形，那么被告提出诉讼时效抗辩后，法官很可能会驳回原告的诉讼请求。

2. 重复诉讼的判定：

   • 法律依据：法官会依据《中华人民共和国民事诉讼法》中关于重复起诉的规定进行判定。重复起诉通常指的是同一原告就同一法律事实和同一诉讼请求，在法院已经受理或已经作出判决后，再次向法院提起诉讼。
   • 判定要点：法官会审查原告的起诉是否构成重复起诉。这包括审查原告是否为同一主体、被告是否为同一主体、诉讼请求是否相同或实质相同、法律事实是否相同等。如果构成重复起诉，法官会裁定不予受理或驳回起诉。
   • 实例说明：假设一起侵权纠纷案件，原告已经就同一侵权事实向法院提起过诉讼，并且法院已经作出了判决。现在原告又以相同的诉讼请求和事实再次提起诉讼，那么被告提出重复诉讼抗辩后，法官会裁定不予受理或驳回起诉。

3. 主体适格的判定：

   • 法律依据：法官会依据相关法律法规中关于诉讼主体资格的规定进行判定。诉讼主体适格指的是原告和被告必须是与案件有直接利害关系的公民、法人或其他组织。
   • 判定要点：法官会审查原告和被告是否具备诉讼主体资格。这包括审查原告是否为案件的直接利害关系人、被告是否为案件的义务承担者等。如果原告或被告不具备诉讼主体资格，法官会裁定不予受理或驳回起诉。
   • 实例说明：假设一起合同纠纷案件，原告是一家公司，但该公司已经注销，不再具有法人资格。现在该公司以自己的名义提起诉讼，那么被告提出主体不适格抗辩后，法官会裁定不予受理或驳回起诉，因为原告已经不具备诉讼主体资格。

在处理这些抗辩时，法官会综合考虑案件事实、相关法律法规以及双方当事人的陈述和证据，以作出公正、合理的判决。如果你在诉讼过程中遇到这些问题，或者对法官的判定有疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律分析和建议。