合作社的法人和理事长可以由不同的人担任。以下从法律背景、实际运作及可能后果等角度进行详细分析：

法律背景

合作社作为一种特殊的经济组织形式，其组织架构和职务设置通常受到相关法律法规的规范。在合作社的章程或相关法律规定中，一般会明确法人和理事长的职责和权限。法人作为合作社的对外代表，负责处理合作社的外部事务，如签订合同、参与诉讼等；而理事长则是合作社内部管理机构的负责人，负责合作社的日常运营和管理。从法律层面来看，并没有明确规定法人和理事长必须由同一人担任。

实际运作

1. 分工合作：在实际运作中，将法人和理事长的职务分开，可以实现分工合作，提高合作社的运营效率。法人可以专注于处理外部事务，为合作社争取更多的资源和机会；而理事长则可以专注于内部管理，确保合作社的日常运营顺畅。
2. 风险防控：将法人和理事长的职务分开，也有助于风险防控。如果法人和理事长由同一人担任，一旦该人出现违法违规行为或决策失误，可能会给合作社带来较大的风险。而分开担任，则可以在一定程度上分散风险，降低合作社的损失。

可能后果

1. 决策效率：虽然分工合作可以提高运营效率，但也可能导致决策效率的降低。因为法人和理事长在决策过程中可能需要更多的沟通和协调，以确保决策的一致性和可行性。
2. 责任划分：在分开担任的情况下，需要明确法人和理事长的责任划分。如果责任划分不清，可能会导致在出现问题时相互推诿，影响合作社的稳定和发展。

建议

1. 明确职责：在合作社的章程或相关协议中，应明确法人和理事长的职责和权限，确保双方在工作过程中有明确的指导和约束。
2. 加强沟通：法人和理事长应加强沟通，确保在决策过程中能够充分协商、达成一致，提高决策效率。
3. 完善监督机制：合作社应建立完善的监督机制，对法人和理事长的行为进行监督和约束，确保其行为符合合作社的利益和法律法规的要求。

如果您在合作社的运营过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。