合作社的法定代表人可以不是理事长。以下从法律角度进行详细分析：

法律背景与规定

根据《中华人民共和国农民专业合作社法》的相关规定，农民专业合作社的组织结构具有一定的灵活性。该法并未强制要求合作社必须设立理事长作为法定代表人，而是允许合作社通过章程和成员大会的决议来确定法定代表人的人选。

法定代表人的人选范围

1. 理事长：虽然理事长是合作社的一个重要职务，负责主持成员大会、召集并主持理事会会议等，但法律并未规定其必须担任法定代表人。
2. 理事：理事作为合作社的决策机构成员，也有可能根据合作社章程和成员大会的决议被选为法定代表人。
3. 其他成员：在特定情况下，合作社的其他成员，如果经过成员大会的授权和决议，也有可能成为合作社的法定代表人。

法律建议与注意事项

1. 章程制定：合作社在制定章程时，应明确法定代表人的产生方式、职权和责任等事项，以确保合作社的运营符合法律法规的要求。
2. 成员大会决议：法定代表人的选任应经过成员大会的决议，确保选任过程的合法性和公正性。
3. 变更登记：如果合作社的法定代表人发生变更，应及时到工商行政管理部门办理变更登记手续，以确保合作社的合法运营和对外公示信息的准确性。

可能的法律后果

如果合作社未按照法律法规和章程的规定选任法定代表人，或者未及时办理变更登记手续，可能会面临以下法律后果：

1. 行政处罚：工商行政管理部门可能会对合作社进行行政处罚，如罚款、责令改正等。
2. 法律纠纷：在合作社与其他主体进行交易或合作时，可能会因法定代表人的选任问题而引发法律纠纷，给合作社带来不必要的损失。

综上所述，合作社的法定代表人可以不是理事长，而是可以根据合作社章程和成员大会的决议来确定。在选任法定代表人时，合作社应遵守相关法律法规和章程的规定，确保选任过程的合法性和公正性，并及时办理变更登记手续。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。