公司账户银行扣回单管理费是否合法，需分情况讨论：
若银行收费行为有合同依据或法律依据：
- 合同依据：在开户时，银行通常会与客户（即公司）签订开户协议或相关服务协议。如果这些协议中明确约定了银行可以收取回单管理费，且公司在开户时已经同意并签署了相关协议，那么银行根据合同约定收取费用是合法的。这种情况下，公司应当履行合同义务，支付相应的费用。
- 法律依据：根据《中华人民共和国商业银行法》等相关法律法规，银行有权在提供服务时收取合理的费用。如果银行收取回单管理费的行为符合相关法律法规的规定，且费用标准合理，那么这种收费行为也是合法的。
若银行收费行为无合同依据或法律依据：
- 无合同依据：如果银行在开户协议或相关服务协议中并未明确约定可以收取回单管理费，或者公司在开户时并未被告知需要支付此类费用，那么银行擅自收取回单管理费可能构成违约行为。公司有权拒绝支付，并可以向银行提出异议或投诉。
- 无法律依据或费用不合理：如果银行收取回单管理费的行为缺乏明确的法律依据，或者费用标准明显不合理（如远高于市场平均水平或成本），那么这种收费行为可能涉嫌违法或不当。公司可以向相关监管部门（如银保监会）进行投诉或举报，以维护自身合法权益。
法律建议：
- 审查合同条款：公司应仔细审查与银行签订的开户协议或相关服务协议，了解其中关于费用收取的条款和约定。如果发现银行擅自收取回单管理费且合同中无相关约定，公司应及时与银行沟通并表达异议。
- 了解法律法规：公司应了解相关法律法规关于银行收费的规定，以判断银行收费行为是否合法合规。如果发现银行收费行为涉嫌违法或不当，公司可以向相关监管部门进行投诉或举报。
- 保留证据：在与银行沟通或投诉过程中，公司应保留好相关证据（如合同、收费凭证、沟通记录等），以便在需要时证明自己的权益和主张。
可能后果：
- 如果银行收费行为合法合规，公司拒绝支付可能导致银行采取法律手段追讨费用，甚至影响公司信用记录。
- 如果银行收费行为违法或不当，公司投诉或举报后，相关监管部门可能会对银行进行调查和处理，并要求银行退还非法收取的费用。
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