在劳动争议中，经济补偿金的工资计算基数通常是按照劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资来确定，这个平均工资是应发工资，而非到手工资。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律规定

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定：“经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。”

二、工资计算基数的确定

1. 应发工资与到手工资的区别：

   • 应发工资：即劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月内，用人单位应支付给劳动者的全部工资，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等所有货币性收入。
   • 到手工资：即劳动者实际收到的工资，是应发工资扣除社会保险费、住房公积金、个人所得税等费用后的余额。

2. 经济补偿金的计算基数：

   • 根据法律规定，经济补偿金的计算基数是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，这个平均工资是应发工资，而非到手工资。
   • 这是因为应发工资更能反映劳动者在用人单位的实际劳动报酬水平，而到手工资则因扣除各项费用而有所减少，不能全面反映劳动者的劳动价值。

三、特殊情况下的工资计算

1. 月工资高于当地职工月平均工资三倍的情况：

   • 如果劳动者的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，那么经济补偿金的计算基数将按照职工月平均工资的三倍来确定。
   • 同时，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

2. 工作年限不足十二个月的情况：

   • 如果劳动者在用人单位的工作年限不足十二个月的，那么经济补偿金的计算基数将按照劳动者实际工作月数的平均工资来确定。

四、实际操作中的注意事项

1. 工资记录的保存：

   • 用人单位应妥善保存劳动者的工资记录，以便在劳动争议发生时能够提供准确的工资数据。
   • 劳动者也应保留好自己的工资条或银行转账记录等证据，以维护自己的合法权益。

2. 经济补偿金的支付：

   • 用人单位应在劳动合同解除或者终止时一次性支付经济补偿金给劳动者。
   • 如果用人单位未按时支付经济补偿金的，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。

总结来说，经济补偿金的工资计算基数是按照劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资来确定，且这个平均工资是应发工资而非到手工资。在特殊情况下，如月工资高于当地职工月平均工资三倍或工作年限不足十二个月时，经济补偿金的计算基数将按照相应规定进行调整。如果你在这方面还有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。