关于小产权房签合作建房协议书的合法性，需分情况讨论，具体如下：

1. 协议书有效的情形

   • 主体适格且意思表示真实：若合作双方均为完全民事行为能力人，且签订协议是双方真实的意思表示，不存在欺诈、胁迫或重大误解等情形，这是协议有效的前提。例如，两位具有完全民事行为能力的自然人，经过充分协商，自愿签订合作建房协议书，且协议内容明确、具体，不存在模糊不清或歧义的地方。
   • 内容合法且形式符合规定：协议内容不得违反法律法规的强制性规定和公序良俗，建房行为必须符合土地管理、城乡规划等相关法律法规的要求。同时，如果法律法规要求合作建房合同应当采用书面形式等特定形式，那么协议必须符合相应形式要求。例如，用于合作建房的土地是通过合法途径取得的，且土地用途符合规划，协议也采用了书面形式，并可能进行了相关备案等手续。
   • 同一集体经济组织成员之间的合作：在同一集体经济组织内部，成员之间可以合法地进行小产权房的合作建房。因为成员对集体土地享有平等的权益，房屋流转在本质上是集体内部资源的重新分配。只要协议满足上述条件，通常会被认定为有效。

2. 协议书无效的情形

   • 违反土地管理法规：未经批准使用集体土地进行合作建房，尤其是将集体土地用于非农业建设且未依法办理相关审批手续的，合作建房协议书往往会被认定无效。例如，未经批准在农用地上进行合作建房，这种行为不仅违反了土地管理法规，还可能导致严重的法律后果。
   • 未取得建设规划许可：如果合作建房没有按照城乡规划要求取得建设工程规划许可证等相关规划审批文件，协议也可能无效。建设规划许可是确保建筑合法性和安全性的重要依据，未取得许可进行建设属于违法行为。
   • 以合法形式掩盖非法目的：合作建房协议书表面上是合作开发建设房屋，但实际上是一方为了规避法律限制（如房地产调控政策），通过合作建房的名义进行非法的土地交易或房地产开发活动的，协议会被认定无效。这种行为不仅损害了法律的严肃性，还可能引发一系列法律风险和纠纷。

法律后果与风险提示：

• 即使协议在某些情况下可能被认定为有效，但由于小产权房没有合法的土地使用权，无法办理正规产权证，因此合作方仍面临诸多风险。例如，无法过户、被原房主再次卖出、房子被认定为违建而被拆除等。这些风险都可能导致合作方遭受重大损失。
• 若协议被认定无效，双方需相互返还财产，即出资方返还出资款，合作建房方返还房屋（若房屋已建成）。但实际操作中，可能因房屋已使用、价值变化等因素导致返还困难或产生纠纷。

建议与操作指引：

• 在签订合作建房协议书前，双方应充分了解并确认对方的资质和信誉情况，确保主体适格。
• 协议内容应详细明确，包括出资方式、房屋分配、风险承担等关键条款，以避免后续纠纷。
• 务必遵守相关法律法规和城乡规划要求，确保合作建房行为的合法性。及时办理相关手续，如土地使用权证、建设规划许可证等。
• 如遇争议或纠纷，应及时寻求法律帮助，以维护自身合法权益。

小产权房签合作建房协议书的合法性需根据具体情况进行判断。在签订协议前，建议充分了解相关法律风险和后果，并谨慎操作。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。