小产权合作建房合同的法律效力需根据具体情况判断，在大多数情况下，该合同不受法律保护，但在特定条件下可能部分有效。以下是对此问题的详细分析：
一、通常认定无效的情况
法律基础与限制：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法规，农村集体土地的使用权流转有严格限制，旨在保障农村集体成员的居住权益和农村土地资源的合理使用。小产权房往往是在集体土地上建设，未办理相关国有土地出让等合法手续，因此其合作建房合同在法律上通常面临较大风险。
具体情形与后果：
- 若小产权房的合作建房合同涉及向本集体经济组织以外的人员（如城市居民）出售或合作，这种合同因违反法律的强制性规定而通常会被认定无效。合同无效后，双方可能需恢复原状，即返还已支付的款项和房屋，但可能因房屋增值、使用情况等因素引发纠纷。
二、部分有效的情况
特定条件与例外：
- 如果小产权房的合作建房合同双方都是同一集体经济组织成员，且房屋合作建房符合当地宅基地管理规定，没有违反法律法规的其他强制性规定，那么该合同有可能被认定为有效。但这种情况较为罕见，且存在较大的法律风险。
法律效力与限制：
- 即便在特定条件下合同被认定为有效，小产权房的合作建房合同仍可能面临产权流转受限、无法办理相关证件等法律问题。例如，由于小产权房未缴纳土地出让金等费用，无法办理土地使用证和预售许可证，购房合同在国土房管局不给予备案，购买者无法拥有完整的房产证。
三、法律风险与建议
产权与交易风险：
- 小产权房的合作建房合同存在产权不清晰、交易受限等风险。由于缺乏合法的产权证明，购买者可能无法获得完整的产权保障，且在面临拆迁、继承等问题时可能面临诸多困难。
贷款与抵押限制：
- 购买小产权房通常需要一次性交清房款，不能通过银行贷款或抵押贷款来支付。这增加了购买者的经济压力，并限制了其资金运用的灵活性。
建议与决策：
- 在进行小产权房合作建房前，务必充分了解相关法律风险和后果。建议咨询专业律师（即我本人，秦菁莹律师，专注于刑事辩护、取保候审、律师会见、诈骗犯罪、经济犯罪、房产纠纷、毒品犯罪领域），以获取更具体的法律意见和指导。在决策时，应谨慎考虑小产权房的法律地位和风险，确保自己的合法权益不受损害。
综上所述，小产权合作建房合同的法律效力需根据具体情况判断。在大多数情况下，该合同不受法律保护，且存在诸多法律风险。因此，在进行相关交易前，请务必充分了解相关法律风险和后果，并谨慎决策。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。