孙公司打款是否算第三方回款，需分情况讨论：

1. 从股权结构与控制关系角度
   若孙公司是母公司全资控股的子公司（即母公司→子公司→孙公司），且打款行为基于母公司或子公司的明确指令（如代为支付货款、履行合同义务），则通常不视为第三方回款。此时孙公司实质上是母公司或子公司的资金通道，资金流向仍属于关联方内部流转。
   法律依据：根据《公司法》第14条，子公司具有独立法人资格，但母公司可通过股权控制影响其决策。若打款行为符合关联交易规范（如价格公允、程序合法），则法律上认可其合理性。

2. 从合同相对性角度
   若孙公司与收款方无直接合同关系，但受母公司或子公司委托代为付款（例如：A公司（母）→B公司（子）→C公司（孙）代A向D公司付款），此时需分两层判断：

   • 若D公司明知并同意C公司代付（如合同中约定“可由关联方付款”），则不构成第三方回款，付款行为视为对原合同的履行；
     
   • 若D公司不知情或明确拒绝第三方付款，则可能涉及合同主体变更问题，此时C公司的付款可能被认定为无效支付，需重新由合同方履行付款义务。
     风险提示：建议通过补充协议或书面通知明确代付关系，避免纠纷。

3. 从税务与财务合规角度
   即使孙公司打款不构成法律上的“第三方回款”，仍需注意：

   • 税务风险：若资金流转未伴随真实业务（如虚构交易套取资金），可能被税务机关认定为“资金回流”，触发反避税调查；
     
   • 审计风险：关联方资金往来需在财务报表中充分披露，否则可能违反《企业会计准则》中关于关联交易披露的要求。
     建议：保留完整的委托付款协议、资金流向证明及业务合同，确保合规性。

总结：孙公司打款是否属于第三方回款，需结合股权关系、合同约定及资金用途综合判断。若您遇到具体场景（如合同纠纷、税务稽查），可直接向我提供细节，我会进一步分析风险点并提供解决方案。