法院处理车辆挂靠在别的公司的情况，主要依据挂靠协议的具体内容、挂靠双方的权利义务关系以及实际纠纷类型来综合判定。以下是具体分析：

1. 挂靠协议的效力认定：

   • 法院首先会审查挂靠协议是否合法有效。如果挂靠协议是双方真实意思表示，且不违反法律法规的强制性规定，那么该协议通常会被认定为有效。这意味着挂靠双方需要按照协议约定履行各自的义务。
   • 如果挂靠协议存在违法情形，如为了规避税收、逃避监管等非法目的而签订，那么该协议可能会被认定为无效。此时，法院会根据实际情况，按照相关法律规定处理双方的权利义务关系。

2. 挂靠车辆的所有权归属：

   • 在挂靠关系中，车辆的所有权归属是一个核心问题。如果挂靠协议明确约定了车辆的所有权归属，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么法院通常会尊重双方的约定。
   • 如果挂靠协议对车辆所有权归属约定不明，或者双方对此存在争议，那么法院会根据车辆的实际出资情况、使用情况、管理情况等因素，综合判断车辆的所有权归属。

3. 挂靠期间的债务承担：

   • 在挂靠期间，如果车辆发生交通事故、欠缴税费等债务问题，法院会根据挂靠协议的约定以及实际情况，判断债务应由哪一方承担。
   • 如果挂靠协议明确约定了债务承担方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么法院通常会按照协议约定处理。如果协议没有约定或者约定不明，法院可能会根据挂靠双方的实际过错程度、受益情况等因素，判决双方共同承担或者按比例承担债务。

4. 挂靠关系的解除与终止：

   • 如果挂靠双方协商一致解除挂靠关系，或者挂靠协议约定的解除条件成就，那么法院会尊重双方的意愿，判决解除挂靠关系。
   • 在解除挂靠关系时，法院会处理与挂靠车辆相关的债权债务关系，确保双方的合法权益得到保障。如果挂靠关系因一方违约而解除，法院还会根据违约情况判决违约方承担相应的违约责任。

建议：在处理车辆挂靠纠纷时，建议挂靠双方首先通过协商方式解决争议。如果协商不成，可以寻求法律途径解决。在诉讼过程中，要提供充分的证据证明自己的主张，并积极配合法院的审理工作。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。