结论：进厂做流水线工作做得慢被辞退，公司不一定会扣钱，这主要取决于公司是否有合理的规章制度、是否提前告知员工以及处理方式是否符合法律规定。
法律层面分析：
公司有明确且合理的规定：
- 如果公司在规章制度中明确规定了流水线工作的合理速度标准，并且这些规定是通过合法程序制定的（如职工代表大会讨论、公示等），同时向劳动者明确告知了这些规定。
- 在这种情况下，如果员工长期且经过培训后仍然无法达到该标准，且严重影响生产进度和公司利益，公司在履行一定程序（如事先通知工会、给予员工陈述申辩机会）后，有可能合法解除劳动合同。
- 即便公司合法解除劳动合同，也需要支付相应的经济补偿。经济补偿的计算方式是按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准。例如，如果员工在公司工作了3年，那么公司需要支付3个月的工资作为经济补偿。
公司无明确规定或规定不合理：
- 如果公司没有相关合理明确的规定，或者制定的工作速度标准过高，超出了大多数同岗位正常劳动者能够达到的水平，以此为由开除员工则属于违法解除劳动合同。
- 在这种情况下，员工有权要求公司支付赔偿金。赔偿金的标准通常是经济补偿标准的二倍。例如，如果员工应得的经济补偿是3个月的工资，那么赔偿金就是6个月的工资。
实际处理层面建议：
沟通协商：
- 如果公司发现员工流水线工作慢，应首先与员工进行沟通，了解是否存在特殊原因，如身体不适、技能不熟练等。
- 公司可以提供相应的培训和指导，帮助员工提高工作速度。这是解决工作速度问题的首选方式，也有助于维护良好的劳动关系。
调岗等处理：
- 如果经过培训后员工仍然无法胜任流水线工作，公司应考虑将员工调至其他适合的岗位，而不是直接开除。
- 调岗不仅体现了公司对员工的关怀，也是避免法律风险的有效手段。同时，调岗后公司应根据新岗位的工作内容和要求，与员工协商确定新的工资待遇。
员工权益保护：
- 员工应了解自己的合法权益，包括公司的规章制度、工作速度要求以及自己的工作环境和待遇。
- 如果对公司的处理决定有疑问或不满，员工应及时与公司人事或法务部门沟通，必要时可寻求劳动部门的调解或法律援助。在沟通过程中，员工应保留好相关证据，如工资条、工作记录、沟通记录等，以便在需要时维护自己的合法权益。
关于扣钱的问题：
- 如果公司合法解除劳动合同并支付了经济补偿，那么公司通常不会额外扣钱。
- 如果公司违法解除劳动合同，员工有权要求公司支付赔偿金，并且公司不得扣钱。如果公司扣钱，员工可以通过法律途径维护自己的权益。
总结与建议：
- 作为员工，应了解自己的合法权益和公司的规章制度，遵守工作要求，提高工作效率。
- 如果遇到工作速度问题或被辞退的情况，应及时与公司沟通协商，寻求合理的解决方案。
- 如有需要，可以向劳动部门或专业律师咨询，以维护自己的合法权益。
希望以上分析能对你有所帮助。如果你还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。