迟到旷工扣工资是否合法，需分情况讨论：

1. 规章制度合法且合理的情况下，迟到旷工扣工资是合法的：

   • 规章制度合法：用人单位必须依法制定规章制度，明确将迟到、旷工列为违纪行为，并规定合理的扣薪标准。规章制度的制定需经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并进行公示或告知劳动者。若规章制度未经法定程序制定或未向员工公示，则对劳动者不具有法律约束力。
   • 扣薪标准合理：扣罚的金额不能过高，应确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 无合理免责事由：员工无故迟到、旷工，且不存在不可抗力等合理免责事由时，用人单位方可在合理范围内扣工资。

2. 规章制度不合法或扣薪标准不合理的情况下，迟到旷工扣工资是不合法的：

   • 规章制度不合法：若规章制度制定程序不合法，如未与职工协商、未公示等，或规章制度内容违法，如扣薪标准过高，损害劳动者基本权益，则规章制度对劳动者不具有法律约束力，用人单位不能依据该规章制度扣工资。
   • 扣薪标准不合理：若扣罚金额过高，导致员工工资低于当地最低工资标准，或扣除比例明显不合理，超出法定限制，则用人单位的扣工资行为属于不合法行为。
   • 存在合理免责事由：若员工因不可抗力（如自然灾害、交通堵塞等）或其他合理原因导致迟到、旷工，用人单位仍扣工资则属于不合法行为。

劳动者权益保护建议：

• 若劳动者认为用人单位迟到旷工扣工资的行为不合法，首先应与用人单位进行沟通协商，要求其纠正错误做法。
• 协商不成时，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，劳动者应提供相关证据，如工资条、考勤记录、规章制度等，以证明用人单位的扣工资行为不合法。

用人单位合规建议：

• 用人单位应确保规章制度的合法性与合理性，并在扣工资时充分考虑员工的合法权益与实际情况。
• 规章制度制定后，应及时向员工公示或告知，确保员工了解并同意相关规定，避免因此产生纠纷。
• 在执行迟到旷工扣工资时，用人单位应遵循公平、公正的原则，根据迟到旷工情况合理扣款，避免过度处罚影响员工的工作积极性和满意度。

综上所述，迟到旷工扣工资的合法性需综合考虑规章制度、扣薪标准及特殊情况等多个因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。