核心结论：针对公司合作制原职工入股后公司未进行工商变更登记的情况，可通过协商、发送律师函、提起诉讼或向监管部门投诉等途径解决，具体需结合实际情况选择合适方式。以下是详细分析：
一、明确工商变更登记的法律依据与重要性
根据《公司法》及相关规定，股东姓名或名称、出资额等事项发生变更时，公司应当自变更决议或决定作出之日起30日内申请变更登记。工商变更登记具有公示公信效力，是股东身份及股权份额的法定证明。若未完成变更，可能导致：
- 股权权属争议：第三人可能因工商登记信息否认实际股东身份；
- 行使股东权利受阻：如参与决策、分红等权利可能因登记瑕疵被质疑；
- 交易风险：未来股权转让、质押等行为可能因登记问题无效。
二、未变更登记的可能原因及应对策略
1. 公司故意拖延或拒绝变更
- 原因：可能因内部管理混乱、对入股协议效力存疑，或实际控制人意图剥夺股东权利。
- 应对：
- 协商沟通：书面要求公司说明未变更原因，并设定合理期限（如15日）完成变更；
- 发送律师函：委托律师出具正式函件，明确法律后果（如行政处罚、赔偿损失），督促履行义务；
- 提起诉讼：以“请求变更公司登记纠纷”为案由，向法院起诉要求公司及配合义务人（如其他股东）办理变更，并可主张赔偿因延迟变更导致的损失（如分红损失）。
2. 入股协议存在瑕疵导致无法变更
- 常见瑕疵：协议未明确变更登记条款、未履行内部决策程序（如股东会决议）、出资未实际到位等。
- 应对：
- 补充协议：与公司协商签订补充协议，完善变更登记条款及违约责任；
- 完善出资手续：若出资未到位，需尽快补足并留存凭证（如银行转账记录、验资报告）；
- 内部决策程序补正：通过股东会决议确认入股事宜，并形成书面文件。
3. 公司已进入清算或破产程序
- 法律后果：清算期间公司不得开展与清算无关的经营活动，股权变更需经清算组同意；破产程序中股权可能被宣告无效。
- 应对：
- 确认公司状态：通过国家企业信用信息公示系统查询公司是否被列入经营异常名录或破产程序；
- 参与清算/破产程序：作为股东申报债权，并主张股权对应的权益（如剩余财产分配权）。
三、预防性建议
- 签订书面入股协议：明确股权比例、变更登记时间、违约责任等条款；
- 留存出资证据：保存转账记录、资产评估报告等证明出资真实的材料；
- 及时跟进变更：入股后定期查询工商登记信息，发现未变更立即采取行动；
- 咨询专业律师：在签订协议前或发现异常时，提前介入规避风险。
提示：若公司仍不配合，可同步向当地市场监督管理局投诉，要求其依据《公司登记管理条例》对公司进行行政处罚（如罚款），倒逼公司履行义务。具体操作需结合入股协议内容、公司现状及证据情况综合判断，建议提供详细材料进一步分析。