在交通事故中，如果双方都有责任，那么治疗费用的承担将依据各自的责任比例来分配。以下是对这一问题的详细解答：
一、赔偿原则与责任分配
按责任比例赔偿：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，交通事故中双方都有责任时，治疗费用将按照各自的责任比例进行分担。例如，如果一方承担70%的责任，另一方承担30%的责任，那么治疗费用也将按照这一比例进行分配。
交强险与商业险的作用：
- 肇事车辆若参加了机动车第三者责任强制保险（交强险），保险公司将在责任限额范围内支付部分抢救费用，其中医疗费用赔偿限额通常为18,000元。这部分费用将按照责任比例在双方之间进行分配（但实际操作中，可能先由一方保险公司全额赔付，再按责任比例向另一方追偿）。
- 若医疗费用超出交强险赔偿限额，超出的部分将由双方根据责任比例分担，并可能涉及肇事方投保的商业三者险进行赔付。
二、具体处理流程
确定责任比例：
- 交通事故发生后，交警部门会出具事故责任认定书，明确双方的责任比例。这是后续赔偿的重要依据。
协商赔偿：
- 双方可以根据责任比例，协商确定各自应承担的治疗费用。如果双方都有保险，可以联系各自的保险公司进行协商和赔付。
保险公司赔付：
- 肇事方的保险公司将在交强险和商业三者险的责任限额内，按照责任比例赔付治疗费用。如果受害方也有保险，且符合垫付条件，也可以向自己的保险公司申请垫付。
自行垫付与追偿：
- 如果对方或其保险公司未能及时垫付费用，受害方可以自行垫付后，再按照责任比例向对方追偿。这可能需要通过法律途径来实现。
三、特殊情况处理
一方未参保或逃逸：
- 如果肇事车辆未参加保险或肇事后逃逸，受害方可以寻求道路交通事故社会救助基金的帮助，先行垫付部分或全部抢救费用。但基金管理机构有权向交通事故责任人追偿。
后期治疗费用结算：
- 治疗结束后，伤者应凭借医院出具的诊断证明、病历、医疗费发票等相关凭证，向对方及其保险公司要求赔偿全部治疗费用（按责任比例分配）。如果协商无果，可以通过法律途径解决。
四、建议与注意事项
保留证据：
- 受害方必须妥善保留所有与治疗相关的收款凭证、病历、诊断证明等证据。这些证据是协商和诉讼中的关键依据。
及时沟通：
- 双方应保持及时沟通，协商赔偿事宜。如果无法达成一致，可以寻求交警部门、保险公司或法律途径的帮助。
了解法律程序：
- 如果需要通过法律途径解决赔偿问题，受害方应了解相关的法律程序和规定，以便更好地维护自己的合法权益。
综上所述，交通事故中双方都有责任时，治疗费用将按照各自的责任比例进行分担。双方应积极协商、保留证据，并通过合法途径解决赔偿问题。