在被告被指控职务侵占的情况下，司法机关确实有可能会调查其微信流水，但这并非绝对，需根据具体案情和证据需求来决定。以下从几个角度为你详细分析：

1. 职务侵占罪的构成与证据需求：

   • 职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。
   • 在证明这一罪名时，司法机关需要收集充分的证据来证明被告确实实施了非法占有行为，并且这一行为与其职务有关。微信流水作为电子数据的一种，如果能够证明被告与职务侵占行为有关联，比如通过微信转账记录显示被告将公司资金转入个人账户，那么这些流水就可能成为关键证据。

2. 微信流水的调查与取证：

   • 司法机关在调查职务侵占案件时，有权根据案情需要调取被告的微信流水。这通常需要通过合法程序，如向微信运营商发出调查令或协助调查通知书，要求提供相关数据。
   • 微信流水作为电子数据，具有易篡改、易删除的特点，因此司法机关在取证时会特别注意数据的完整性和真实性，可能会采取技术手段进行数据恢复和固定。

3. 微信流水在职务侵占案件中的作用：

   • 微信流水可以直观地展示被告的资金流动情况，有助于司法机关判断被告是否存在非法占有公司资金的行为。
   • 如果微信流水显示被告频繁将公司资金转入个人账户，且无法合理解释这些转账的合法性和合理性，那么这些流水就可能成为证明被告职务侵占罪的重要证据。

4. 被告的应对策略：

   • 如果被告确实被指控职务侵占，并且担心微信流水可能成为不利证据，那么被告应该积极配合司法机关的调查，同时寻求专业律师的帮助。
   • 律师可以协助被告分析微信流水的合法性，提供合理的解释和证据来反驳指控，或者通过法律程序来保护被告的合法权益。

法律建议：

• 如果你或你身边的人面临职务侵占的指控，并且担心微信流水可能成为证据，建议尽快咨询专业律师，了解具体的法律风险和应对策略。
• 在配合司法机关调查时，要保持冷静和理智，不要隐瞒或伪造证据，以免加重法律责任。

可能后果：

• 如果微信流水确实证明了被告存在职务侵占行为，那么被告可能会面临刑事指控和相应的法律责任，包括有期徒刑、罚金等。
• 反之，如果微信流水无法证明被告存在非法占有行为，或者被告能够提供合理的解释和证据来反驳指控，那么被告可能会避免或减轻法律责任。

总之，微信流水在职务侵占案件中可能成为关键证据，但具体是否会被调查和使用需根据案情和证据需求来决定。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。