“已归档”和“已结案”在流程上并不完全相同，它们代表了案件处理过程中的两个不同阶段，具有不同的含义和侧重点。

已结案： 结案通常指的是一个案件在法律程序上已经完成了所有的必要步骤，达到了可以结束的状态。在自然资源违法行为的处理中，结案条件可能包括案件已经移送管辖、终止调查、决定不予行政处罚、行政处罚决定执行完毕、行政处罚决定终结执行，或者已经依法申请人民法院或人民政府强制执行等。一旦满足这些条件，承办人员会填写《结案呈批表》，并报自然资源主管部门负责人批准后结案。结案意味着案件在法律层面上的处理已经告一段落。

已归档： 归档则是指将案件处理过程中形成的所有材料进行整理、装订，并按照规定存入档案的过程。归档的材料包括案件来源材料、证据材料、调查报告、审理记录、行政处罚决定书等，这些材料需要合法、完整、真实、准确，并按照一定的顺序进行排列。归档的目的是为了保存案件处理的完整记录，以备后续查阅或审计。

区别与联系：

• 区别：结案是案件处理的一个法律结果，标志着案件在法律程序上的结束；而归档则是案件处理后的一个管理行为，旨在保存案件处理的完整记录。
• 联系：结案后，通常需要进行归档工作，将案件处理过程中形成的所有材料整理归档，以便后续查阅和管理。因此，结案是归档的前提和基础，而归档则是结案后的一个重要环节。

概括起来，“已归档”和“已结案”虽然都涉及到案件的处理过程，但它们代表的阶段和含义是不同的。结案是法律程序上的结束，而归档则是管理上的保存和记录。