“已结案”和“已归档”在流程管理和档案管理中是两个不同的概念，它们各自有特定的含义和使用场景。

已结案：

“已结案”通常指的是一个案件或事务在经过调查、处理、执行等必要程序后，已经达到了可以结束的状态。在自然资源违法行为的处理中，符合以下条件之一的，可以视为已结案：

1. 案件已经移送管辖；
2. 终止调查；
3. 决定不予行政处罚；
4. 行政处罚决定执行完毕；
5. 行政处罚决定终结执行；
6. 已经依法申请人民法院或者人民政府强制执行，且涉及需要移送有关部门追究刑事责任、党纪政务责任的，结案前应当已经依法移送。

结案时，承办人员需要填写《结案呈批表》，详细记录案由、立案时间、立案编号、调查时间、当事人、主要违法事实、执行情况、相关建议等内容，并报自然资源主管部门负责人批准。结案后，如果有关部门需要自然资源主管部门配合开展与本案相关的强制执行、刑事责任、党纪政务责任追究等工作，自然资源主管部门应当予以配合。

已归档：

“已归档”则是指将已经结案的案件或事务的相关材料，按照规定的程序和要求进行整理、装订、编号，并存放于档案室或指定位置，以便后续查阅和使用。在自然资源违法行为的处理中，承办人员需要将办案过程中形成的全部材料，包括封面、目录、案件来源材料、责令停止违法行为通知书、立案呈批表、证据材料、调查报告、审理记录、案件处理决定呈批表、行政处罚决定书等，及时整理装订成卷，并按照规定归档。

归档的材料应当合法、完整、真实、准确，文字清楚，日期完备。同时，要保证归档材料之间的有机联系，同一案件形成的档案应当作为一个整体统一归档，不得分散归档。案卷较厚的可分卷归档，并标注总页码和分页码，加盖档号章。卷内各类材料的排列，应当按照结论、决定、裁决性文件在前，依据性材料在后的原则进行。

使用场景：

• “已结案”通常用于描述案件或事务的处理状态，表明该案件或事务已经完成了必要的处理程序，可以结束。
• “已归档”则用于描述案件或事务相关材料的存储状态，表明这些材料已经被整理、装订并存放于档案室或指定位置，以便后续查阅和使用。

综上所述，“已结案”和“已归档”在流程管理和档案管理中各有其特定的含义和使用场景。它们共同构成了一个完整、有序的案件处理流程，确保了案件处理的合法性和规范性，同时也为后续的查阅和使用提供了便利。