“已归档”和“已结案”在流程上有着明确的区别，同时，“已归档”并不直接说明案件正在上诉。下面我将详细解释这两个概念及其区别：

一、已结案

“已结案”指的是一个案件在法律程序上已经完成了所有的处理步骤，并得出了最终的处理结果。这通常意味着：

1. 案件已经经过了调查、审理、裁决等必要的法律程序。
2. 已经作出了最终的处理决定，如行政处罚决定、刑事判决等。
3. 该处理决定已经执行完毕或者终结执行，即案件的处理结果已经得到了实际落实或者无法再进一步执行。

在自然资源违法行为的处理中，符合结案条件的包括案件已经移送管辖、终止调查、决定不予行政处罚、行政处罚决定执行完毕、行政处罚决定终结执行、已经依法申请人民法院或者人民政府强制执行等情形。

二、已归档

“已归档”则是指案件在结案后，将办案过程中形成的所有材料进行整理、装订，并按照规定存入档案室或档案系统，以备后续查阅和使用。归档的材料通常包括案件来源材料、证据材料、调查报告、审理记录、处理决定呈批表、法律文书等。

归档的目的是为了保存案件处理的完整记录，确保案件处理的合法性和公正性，同时也为后续的复查、复议、诉讼等提供依据。

三、已归档与正在上诉的关系

“已归档”并不直接说明案件正在上诉。案件是否上诉取决于当事人对处理结果是否满意，以及是否在法定期限内提出了上诉申请。即使案件已经归档，如果当事人在法定期限内提出了上诉，案件仍然会进入上诉程序，并进行相应的审理和裁决。

四、总结

1. “已结案”表示案件在法律程序上已经处理完毕，并得出了最终的处理结果。
2. “已归档”表示案件在结案后，将办案材料进行了整理、装订和存档。
3. “已归档”并不直接说明案件正在上诉，案件是否上诉取决于当事人的申请和法定期限内的法律程序。

希望以上解释能够帮助您更好地理解“已归档”和“已结案”的区别以及它们与上诉的关系。如果您还有其他问题或需要进一步的解释，请随时告诉我。