针对您提出的“自首案件数罪并罚且认罪认罚如何计算”的问题，这是一个涉及多个法律概念和规则的复杂问题。下面，我将结合相关法律规定和司法实践，为您详细解答。
一、自首的认定及影响
一般自首：
- 根据《中华人民共和国刑法》第六十七条第一款，犯罪后自动投案并如实供述自己罪行的，构成自首。对于自首的犯罪分子，法院在量刑时可以从轻或者减轻处罚；如果犯罪较轻，甚至可以免除处罚。
特别自首：
- 被采取强制措施的犯罪嫌疑人、被告人或正在服刑的罪犯，如实供述司法机关还未掌握的本人其他罪行，也以自首论。这种情况下，自首的认定和量刑影响与一般自首类似，但具体情节可能有所不同。
二、认罪认罚从宽制度
- 根据《刑事诉讼法》第十五条，犯罪嫌疑人、被告人自愿如实供述自己的罪行，承认指控的犯罪事实，并愿意接受处罚的，可依法从宽处理。这一制度旨在提高诉讼效率，节约司法资源，并鼓励犯罪嫌疑人、被告人积极配合司法程序。
三、数罪并罚的规则
判决宣告前的数罪并罚：
- 依据《刑法》第六十九条，判决宣告前一人犯数罪的，除死刑和无期徒刑外，应在总和刑期以下、数刑中最高刑期以上，酌情决定执行的刑期。具体限制包括管制最高不超过三年、拘役最高不超过一年、有期徒刑根据总和刑期不同有不同上限等。
判决宣告后发现漏罪或又犯新罪的并罚：
- 如果判决宣告后、刑罚执行完毕前发现漏罪或又犯新罪，法院会按照“先并后减”或“先减后并”的原则进行数罪并罚。
四、自首与认罪认罚在数罪并罚中的具体应用
仅对自首之罪从轻或减轻：
- 如果犯罪分子仅就部分犯罪自首，自首的从轻或减轻处罚效力仅及于所自首的犯罪。法院在量刑时，会先对自首的犯罪根据自首情节和认罪认罚情况从轻或减轻处罚，再对未自首的犯罪正常量刑，最后按数罪并罚规则决定最终执行的刑罚。
全部犯罪都有自首情节：
- 若犯罪分子对所犯数罪均构成自首，且均认罪认罚，法院在分别对各罪量刑时都应考虑自首情节和认罪认罚情况，予以从轻或减轻处罚。然后再依据数罪并罚的规则决定执行的刑罚。
五、实际操作中的注意事项
- 在司法实践中，法官会综合考虑犯罪的性质、情节、危害后果以及自首、认罪认罚的具体情况等因素，依法作出公正的判决。
- 自首和认罪认罚情节虽然可以对刑罚产生影响，但并不能完全消除数罪并罚的后果。即使犯罪嫌疑人有自首和认罪认罚情节，也需要承担相应的刑事责任和刑罚，只是在量刑时会充分考虑这些情节，对刑罚进行适当的调整。
综上所述，对于自首案件数罪并罚且认罪认罚的情况，法院会依据相关法律规定和司法实践，综合考虑各种因素，依法作出公正、合理的判决。希望这个解答能够帮助您更好地理解相关法律概念和规则。