结论：被告有证据表明钱未用于公司和自己时，法院是否会查封厂子，这并非一个绝对的结果，而是取决于多种因素的综合考量。以下从几个关键角度进行分析：
证据的充分性与关联性：
- 被告提供的证据必须充分且直接关联到资金未用于公司或个人的事实。例如，银行转账记录显示资金流向了其他账户，且这些账户与被告或公司无直接关联；或者有书面合同、证人证言等证明资金被用于了其他特定目的。
- 如果证据不足或存在瑕疵，法院可能无法采纳，从而不影响其采取查封等保全措施的决定。
法院对保全措施的考量：
- 法院在决定是否采取查封等保全措施时，会综合考虑多种因素，包括但不限于案件的性质、争议标的的大小、被告的财产状况、证据的充分性以及是否存在转移财产的风险等。
- 如果法院认为查封厂子对于保障未来判决的执行是必要的，且被告提供的证据不足以消除这种必要性，那么法院仍可能决定查封。
被告的抗辩与法院的审查：
- 被告在提出证据的同时，还可以提出其他抗辩理由，如资金虽未直接用于公司或个人，但用于了与案件相关的其他合法目的，或者存在其他足以阻止查封的法定事由。
- 法院会对被告的抗辩进行审查，并根据审查结果作出决定。如果抗辩成立，法院可能会撤销或变更保全措施。
法律程序与救济途径：
- 如果被告对法院的查封决定不服，可以在法定期限内提出复议申请或上诉，请求法院撤销或变更保全措施。
- 在复议或上诉过程中，被告可以进一步补充证据或提出新的抗辩理由，以支持其请求。
法律建议：
- 积极收集证据：被告应尽快收集并整理所有能够证明资金未用于公司或个人的证据，确保证据的充分性和关联性。
- 及时提出抗辩：在法院采取保全措施前或采取后，被告应及时向法院提出抗辩，阐述资金的实际用途和查封的不必要性。
- 寻求法律帮助：如果被告对法律程序不熟悉或感到困惑，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。
可能后果：
- 如果被告能够提供充分且有效的证据，并成功说服法院，那么法院可能会撤销或变更查封决定，从而保护被告的合法权益。
- 如果被告无法提供足够证据或抗辩不成立，那么法院可能会维持查封决定，被告需承担相应的法律后果，包括可能因查封导致的经营困难等。
综上所述，被告有证据表明钱未用于公司和自己时，法院是否会查封厂子并非一个简单的是非问题，而是需要综合考虑多种因素。被告应积极应对，收集证据，提出抗辩，并在必要时寻求法律帮助。