结论：员工通过仲裁流程判决存在劳动关系后，补缴社保需要去当地的社会保险经办机构（社保局或社保中心）办理，同时可能涉及税务部门的协作（尤其在社保费改由税务部门征收的地区）。以下是具体说明：

1. 核心办理单位：社会保险经办机构
   根据《社会保险法》第五十八条、第六十条，用人单位与劳动者建立劳动关系后，需在30日内为员工办理社保登记并缴纳社保费。若仲裁裁决确认劳动关系存在，用人单位应主动到当地社保经办机构（如社保局、社保中心）为员工补缴社保。具体流程包括：

   • 提交仲裁裁决书、劳动合同（如有）、工资发放记录等证明劳动关系的材料；
     
   • 填写社保补缴申请表，明确补缴期间、险种（养老、医疗、失业、工伤、生育）及基数；
     
   • 社保经办机构核定补缴金额后，用人单位需在规定期限内完成缴费。

2. 税务部门的协作（部分地区）
   若当地已实行“社保费由税务部门统一征收”（如全国多地自2019年起推行），则用人单位需通过税务部门渠道完成补缴。此时流程可能调整为：

   • 社保经办机构核定补缴金额后，将数据推送至税务系统；
     
   • 用人单位通过电子税务局、银行代缴等方式向税务部门缴费；
     
   • 缴费完成后，税务部门将缴费信息反馈至社保经办机构，完成社保记录更新。

3. 注意事项

   • 时效性：补缴期限通常自劳动关系确立之日起计算，但仲裁裁决生效后，用人单位应尽快办理，避免因拖延产生滞纳金（《社会保险法》第八十六条规定，逾期未缴的，按日加收万分之五的滞纳金）；
     
   • 证据保留：保留仲裁裁决书、补缴申请回执、缴费凭证等材料，以备后续核查；
     
   • 争议处理：若用人单位拒绝补缴，员工可向社保经办机构投诉，或申请劳动监察部门介入，必要时可通过法院强制执行。

建议：若您或他人遇到此类问题，可先联系当地社保经办机构确认具体流程（如是否需通过税务部门缴费），并要求用人单位配合办理。如有复杂情况（如补缴年限争议、用人单位拒不执行等），可进一步向我咨询，我会结合具体细节提供针对性方案。