在工程合同中未约定质保期的情况下，质保期的判定应依据相关法律法规，特别是《建设工程质量管理条例》的规定来确定最低保修期限，同时双方也可通过协商补充质保期条款。以下从不同角度详细分析：
一、依据法律法规确定最低保修期限
根据《建设工程质量管理条例》第四十条的规定，建设工程的最低保修期限如下：
基础设施工程、房屋建筑的地基基础工程和主体结构工程：保修期为设计文件规定的该工程的合理使用年限。例如，若某民用建筑设计合理使用年限为50年，则相关地基基础和主体结构工程的质保期也应为50年。
屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏：保修期为5年。这一规定确保了这些易渗漏部位在较长时间内得到质量保障。
供热与供冷系统：保修期为2个采暖期、供冷期。这有助于保障系统在投入使用初期的稳定运行，减少因系统故障带来的不便。
电气管线、给排水管道、设备安装和装修工程：保修期为2年。这一期限旨在保障建筑物正常使用功能在一定时间内的质量安全。
二、双方协商补充质保期条款
尽管法律法规规定了最低保修期限，但发承包双方仍可根据工程的具体情况、特点和需求，通过协商签订补充协议，明确约定工程的质保期。协商确定的质保期可以高于法律规定的最低期限，但不得低于该期限。例如，针对采用新材料、新技术的工程，双方可约定更长的质保期以更好地保障工程质量。
三、质保期的起算时间与保修责任
《建设工程质量管理条例》明确规定，建设工程的保修期自竣工验收合格之日起计算。若工程未经竣工验收，发包人擅自使用，则以转移占有建设工程之日为竣工日期，质保期也从该日起算。在质保期内，若工程出现质量问题，施工单位需承担相应的保修责任，无论合同中是否有明确约定。
四、实际操作建议
明确约定质保期：为避免未来可能出现的纠纷，建议在签订工程合同时，双方应明确约定工程的质保期、保修责任和方式。这样不仅能更好地保护双方的权益，还能确保工程质量得到及时有效的保障。
留存质量验收证据：在质保期内出现质量问题时，需及时通知对方并保留书面记录（如邮件、函件等），以便在需要时证明已履行通知义务，避免因时效问题丧失索赔权。
谨慎适用行业惯例：若主张行业惯例作为质保期的依据，需提供充分证据证明该惯例的普遍性和合理性。例如，可引用行业协会文件或同类案例来佐证。
五、典型案例参考
案例1：某医院净化工程未约定质保期，法院依据《医疗建筑规范》判定空调通风系统质保期为5年。这一案例表明，在特定行业或领域，可能存在高于法定最低期限的行业规范或标准。
案例2：某钢结构厂房合同约定“按国家标准执行”，但未明确具体期限。最终，法院按《钢结构设计规范》确定的20年设计寿命认定质保期。这一案例强调了合同条款明确性的重要性，以及在合同条款不明确时，法院如何依据相关规范或标准进行裁决。
综上所述，虽然工程合同中未约定质保期可能会带来一定不确定性，但依据相关法律法规和行业惯例，我们仍能确定最低的保修期限，并在出现问题时依法追究施工单位的责任。因此，在实际操作中，双方应充分了解并遵循相关规定，以确保工程质量的长期可靠。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。