公司是否有义务为流动员工办理健康证，需分情况讨论，具体如下：

1. 根据行业特性及法律法规的强制性要求
   若公司所属行业属于《食品安全法》《公共场所卫生管理条例》等法律法规明确规定的“健康检查高风险行业”（如食品生产加工、餐饮服务、化妆品生产、公共场所经营等），则公司有义务为包括流动员工在内的所有直接接触食品/顾客/化妆品的员工办理健康证。这是基于《食品安全法》第四十五条、《公共场所卫生管理条例》第七条等条款的强制性规定，违反可能面临行政处罚（如罚款、停业整顿）。

2. 非高风险行业的一般性义务
   若公司行业不属于上述高风险范畴（如普通制造业、物流业、信息技术服务等），则无法律强制性义务要求公司为流动员工办理健康证。但需注意：

   • 若员工岗位涉及特殊健康要求（如接触有毒有害物质、高空作业等），公司可能需根据《劳动法》《安全生产法》等要求组织职业健康检查，但此检查与“健康证”性质不同；
     
   • 若公司与员工在劳动合同或规章制度中明确约定“需办理健康证”，则公司可依据约定要求员工配合，但费用承担需按合同或公平原则协商（通常由公司承担）。

3. 流动员工的特殊性处理
   对于流动员工（如临时工、季节工、派遣工等），其健康证办理义务与正式员工无本质区别，关键仍取决于行业性质和岗位风险。但实践中需注意：

   • 若流动员工工作期限较短（如不足1个月），公司可与员工协商简化流程（如由员工提供近期有效健康证复印件）；
     
   • 若流动员工拒绝办理且行业有强制性要求，公司有权拒绝其从事相关岗位工作，但需避免歧视性处理。

建议：

• 公司应首先核查所属行业及岗位是否属于法律法规明确要求的“健康检查高风险范畴”；
  
• 若需办理，应明确费用承担方式（通常由公司承担）并纳入规章制度；
  
• 若无需办理，可考虑通过入职体检、岗位健康培训等方式降低健康风险。
  

如有进一步疑问（如具体行业要求、费用分担争议等），可直接向我咨询。