当在职人员申请仲裁公司时，公司需要采取一系列积极、合规且专业的应对措施来妥善处理。以下是我为您详细梳理的应对策略：

一、深入了解仲裁原因与诉求

1. 明确仲裁请求：公司应首先仔细研究员工提交的仲裁申请书，了解其具体诉求，比如是工资支付问题、加班费计算争议，还是解除劳动关系等。
2. 分析争议焦点：确定双方争议的核心问题，这有助于公司更有针对性地准备答辩材料和证据。
3. 评估法律风险：根据相关法律法规和公司规章制度，评估公司在争议中的法律地位和可能面临的风险，为后续应对策略提供依据。

二、及时响应与内部沟通

1. 接收通知：在收到员工的劳动仲裁申请书后，公司应及时确认并签收相关文件，确保不错过答辩期限。
2. 内部沟通：组织相关部门和人员召开会议，讨论案件情况，制定应对方案。同时，可以与员工进行初步沟通，尝试通过协商解决问题，避免矛盾升级。

三、准备充分的答辩材料与证据

1. 整理证据：收集与案件相关的所有证据材料，如劳动合同、工资单、考勤记录、工作邮件、会议纪要等，以证明公司的立场和主张。
2. 确保证据合法性：在收集证据的过程中，公司应确保证据的收集过程合法合规，避免使用非法手段获取证据，以免影响证据的效力。
3. 撰写答辩书：根据事实和法律依据，撰写详细的答辩书，针对员工的仲裁请求逐一进行回应和反驳，确保答辩内容条理清晰、逻辑严密。

四、积极参与仲裁程序

1. 提交答辩书：在规定时间内向劳动仲裁委员会提交答辩书，确保公司能够充分表达自己的观点和立场。
2. 参加庭审：按照仲裁委员会的通知，准时参加庭审，并遵守庭审纪律，尊重仲裁员和其他当事人。
3. 陈述观点与质证辩论：在庭审中清晰、准确地陈述公司的观点和立场，提供证据支持自己的主张。同时，对员工提供的证据进行质证，提出异议或反驳意见，并参与辩论环节，就争议焦点展开充分讨论。

五、寻求专业法律帮助（如需）

1. 咨询律师：如果公司对劳动仲裁程序不熟悉或争议事项较为复杂，可以考虑聘请专业律师提供法律咨询和代理服务，以确保公司的权益得到充分保障。
2. 利用内部法务资源：如果公司有内部法务团队，也可以寻求他们的支持和协助，共同应对劳动纠纷。

六、注重沟通与协商，尝试和解

1. 保持冷静理性：在处理仲裁案件时，公司应保持冷静和理性的态度，避免情绪化的行为影响案件处理结果。
2. 尝试和解：在仲裁过程中，公司可以尝试与员工进行和解谈判，寻求双方都能接受的解决方案。和解不仅有助于节省时间和成本，还能维护双方的合作关系。

七、后续跟进与执行

1. 关注裁决结果：密切关注仲裁委员会的裁决结果，并及时了解裁决的具体内容和执行要求。
2. 履行裁决义务：如果公司败诉，应严格按照裁决结果履行相关义务，避免产生额外的法律责任和不良后果。
3. 总结经验教训：无论仲裁结果如何，公司都应认真总结经验教训，加强内部管理，完善规章制度，预防类似争议再次发生。

通过以上策略，公司可以更加专业、合规地应对在职人员申请仲裁的情况，维护公司的合法权益和声誉。