结论是：父子关系之间，如果一方存在妨害另一方合法权益的行为，是可以去法院起诉排除妨害的，但具体需根据妨害的具体情形和法律规定来判断。以下从多个角度进行分析：
一、排除妨害的法律依据
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，妨害物权或者可能妨害物权的，权利人可以请求排除妨害或者消除危险。这里的“物权”包括所有权、用益物权和担保物权等。在父子关系中，如果一方对另一方的财产或人身权益构成了妨害，比如非法侵占财产、干扰正常生活等，受妨害方有权依据法律规定请求排除妨害。
二、父子关系中的妨害情形
财产妨害：
- 如果父亲或儿子非法侵占了对方的财产，如房屋、车辆、存款等，受侵占方可以起诉要求返还财产并排除妨害。
- 如果一方未经允许，擅自使用、处分或毁损对方的财产，也构成妨害，受损害方有权要求停止侵害、恢复原状或赔偿损失。
人身妨害：
- 在父子关系中，如果一方对另一方进行了身体上的伤害或威胁，或者干扰了对方的正常生活秩序，如频繁骚扰、跟踪等，也构成妨害。
- 受妨害方可以依据法律规定，要求对方停止侵害、赔礼道歉，并可能要求赔偿精神损失等。
三、起诉排除妨害的流程
收集证据：
- 受妨害方需要收集能够证明妨害行为存在的证据，如照片、视频、证人证言、报警记录等。
撰写起诉状：
- 起诉状应明确列明原告、被告的基本信息，诉讼请求（如要求排除妨害、返还财产、赔偿损失等），以及事实和理由（即妨害行为的具体情况和法律依据）。
提交法院：
- 将起诉状和相关证据提交给有管辖权的人民法院，并缴纳诉讼费用。
参与诉讼：
- 等待法院安排开庭时间，并按时出庭参与诉讼。在诉讼过程中，可以进一步阐述自己的诉讼请求和事实理由，并出示证据支持自己的主张。
四、注意事项
保持冷静和理性：
- 在处理父子关系中的妨害问题时，应尽量保持冷静和理性，避免情绪化的行为导致矛盾进一步激化。
寻求专业帮助：
- 如果对法律程序或证据收集等方面存在疑问，可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的合法权益得到有效维护。
尊重法律判决：
- 无论诉讼结果如何，都应尊重法院的判决，并按照判决内容履行自己的义务。如果对判决结果有异议，可以在法定期限内提起上诉或申请再审。
最后建议，在父子关系中遇到妨害问题时，应首先尝试通过沟通协商解决。如果沟通无果或妨害行为严重影响到自己的合法权益，再考虑通过法律途径解决。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。