在重新鉴定后被鉴定人死亡的情况下，法院的判决需根据具体案件事实、法律关系及诉讼程序进展综合判定，通常需分以下情形处理：

1. 若案件性质为刑事诉讼

   • 死亡与案件关联性审查：法院需首先审查被鉴定人死亡是否与案件事实直接相关（如是否因犯罪行为导致死亡）。若死亡结果直接影响定罪量刑（如故意伤害致人死亡），则需结合重新鉴定结论与死亡原因的因果关系，依法认定犯罪构成要件是否成立。
     
   • 诉讼程序终止情形：根据《刑事诉讼法》第16条，若被鉴定人系被告人且死亡，法院应裁定终止审理（但需注意例外情形，如需追缴违法所得或民事赔偿部分可继续审理）。若被鉴定人系被害人，死亡结果可能转化为刑事附带民事诉讼的赔偿依据，需由其继承人参与诉讼。
     
   • 鉴定结论的效力：重新鉴定结论若已明确死亡原因或案件关键事实，法院应将其作为重要证据采信；若鉴定结论与死亡结果无直接关联，则需结合其他证据综合判断。

2. 若案件性质为民事诉讼

   • 诉讼主体资格承继：根据《民事诉讼法》第150条，被鉴定人死亡后，其继承人应作为诉讼主体承继诉讼权利义务。法院需通知继承人参与诉讼，并审查重新鉴定结论是否影响案件实体判决（如伤残等级鉴定转化为死亡赔偿金计算）。
     
   • 鉴定结论的转化适用：若重新鉴定系针对被鉴定人生前状态（如伤残等级、劳动能力），而其死亡后诉讼标的转化为死亡赔偿，法院需根据鉴定结论与死亡结果的关联性，调整赔偿项目及标准（如将伤残赔偿金转化为死亡赔偿金，并考虑被扶养人生活费等）。
     
   • 程序合法性审查：若重新鉴定程序存在瑕疵（如鉴定机构资质不符、鉴定材料不完整），法院可依申请或依职权启动补充鉴定或重新鉴定，确保结论的合法性与证明力。

3. 若案件涉及行政诉讼或非诉程序

   • 行政诉讼中：若被鉴定人死亡导致行政行为相对人灭失，法院需审查行政行为是否涉及继承人权益（如行政处罚中的财产罚），若涉及则由继承人承继诉讼；若不涉及，可能裁定驳回起诉。
     
   • 非诉程序中：如仲裁、公证等，需根据具体程序规则确定继承人参与方式，并审查重新鉴定结论对程序结果的影响。

实务建议：

• 当事人或代理人应第一时间固定重新鉴定结论与死亡结果的关联性证据（如医疗记录、因果关系鉴定），并向法院提交书面意见。
  
• 若对鉴定结论有异议，可在举证期限内申请鉴定人出庭或补充鉴定，避免因程序瑕疵导致证据失权。
  
• 涉及继承的案件，需同步办理继承权公证或诉讼，确保诉讼主体适格。
  

提示：具体案件需结合鉴定结论内容、死亡原因、诉讼阶段等细节综合判断，建议提供完整案情后进一步分析。