结论：项目经理中途离职导致劳动关系解除后，公司需根据不同情形采取相应措施，主要包括依法办理离职手续、结算工资及经济补偿（如有）、处理工作交接、防范法律风险等。以下分情况详细说明：

1. 项目经理主动离职
   若项目经理因个人原因主动提出离职，公司应要求其按照《劳动合同法》第三十七条规定，提前三十日以书面形式通知公司（试用期提前三日）。公司需在离职当日办理以下手续：

   • 工作交接：要求项目经理移交工作资料、客户信息、未完成项目进度等，并签署《工作交接清单》确认无遗留问题；
     
   • 工资结算：在离职时一次性结清工资，不得克扣或拖欠；
     
   • 经济补偿：若项目经理主动离职，公司无需支付经济补偿金，但需确认其离职原因是否涉及公司违法情形（如未缴社保、拖欠工资等），避免被主张被迫解除劳动合同；
     
   • 离职证明：在解除劳动合同后十五日内出具离职证明，载明劳动合同期限、解除日期、工作岗位等信息。

2. 公司单方解除劳动合同
   若公司因项目经理严重违纪（如贪污、泄露商业秘密、严重失职造成重大损失等）或不能胜任工作（经培训或调岗后仍无法胜任）等原因解除劳动合同，需注意：

   • 程序合法性：需提前三十日书面通知（或支付代通知金），并告知解除理由及依据；
     
   • 经济补偿：若因项目经理不能胜任工作解除合同，需支付N+1经济补偿（N为工作年限，每满一年支付一个月工资）；若因严重违纪解除，则无需支付补偿；
     
   • 证据留存：保留项目经理违纪或不能胜任工作的证据（如考核记录、书面警告、项目损失证明等），避免被主张违法解除。

3. 双方协商一致解除劳动合同
   若公司与项目经理协商一致解除合同，需签订《解除劳动合同协议书》，明确：

   • 解除时间：约定劳动关系终止的具体日期；
     
   • 经济补偿：协商确定补偿金额（可高于或低于法定标准，但不得低于法定最低标准）；
     
   • 保密及竞业限制：若涉及商业秘密或竞业限制，需在协议中明确义务及补偿；
     
   • 无争议条款：约定双方放弃其他主张，避免后续纠纷。

4. 法律风险防范

   • 未签书面协议的风险：若未签订书面解除协议，项目经理可能主张公司违法解除，要求支付2N赔偿金；
     
   • 未办理工作交接的风险：若项目经理拒不交接工作，公司可暂缓办理离职手续（如不出具离职证明），但不得克扣工资；
     
   • 社保及公积金转移：及时办理社保及公积金减员手续，避免产生滞纳金或法律责任。

建议：公司应根据具体情形选择合法合规的解除方式，并完善离职手续流程。若涉及复杂情形（如项目经理掌握核心商业秘密、项目损失争议等），可进一步向我咨询具体操作方案。