在自建房与包工头签订协议时，为了确保双方的权益得到保障，协议内容应当详尽且明确。以下是一份详细的协议签订指南，供您参考：
一、协议基本信息
发包方（甲方）与承包方（乙方）信息：
- 明确甲乙双方的姓名、身份证号码、联系电话等基本信息。
房屋建设地点：
- 详细描述房屋的具体位置，包括区、镇、村、组以及四至界限（东至、南至、西至、北至）。
二、承包方式
选择承包方式：
- 包工不包料：甲方提供设计图纸和建筑材料，乙方提供劳务、建筑技术和生产生活用具。
- 包工包料：甲方提供设计图纸，乙方提供建筑材料、劳务、建筑技术和生产生活用具。
明确工期：
- 根据所选承包方式，确定具体的工期天数，并注明自合同签订之日起计算。
三、工程质量要求
施工质量标准：
- 乙方应精心施工，确保工程质量达到合格标准。若因乙方原因导致工程质量不达标，造成返工，一切材料及费用由乙方负责。
关键施工过程验收：
- 重要施工过程（如地基、浇筑）须经甲方及邀请的镇村负责安全管理人员验收后方能进行下一道工序。
竣工验收：
- 完成合同约定的各项内容后，甲乙双方应组织对农村住房进行竣工验收，验收结果需参与验收各方签字确认。
建房资料存档：
- 竣工验收后，甲方应在十五日内将建筑施工企业或农村建筑工匠基本情况、施工合同、设计图纸、竣工验收情况等建房资料报镇人民政府存档。
四、付款方式
工程款计算：
分期付款：
- 根据工程建设进度，约定分期付款的比例和时间节点，如浇筑地基后、第一层主体完成后、施工全部完成后、房屋竣工并经甲方检验后等。
质量保证金：
- 剩余总工程款的一定比例（如3%）作为质量保证金，在竣工验收合格之日起一年后支付完成。
五、甲乙双方权利义务
违约责任：
- 明确甲方违反合同约定造成停工的违约金标准，以及乙方未按合同约定期限完成施工造成工期延误的违约金标准。
材料质量责任：
- 包工不包料方式下，甲方提供的建筑材料质量不达标导致乙方损失的，甲方应承担相应损失；包工包料方式下，乙方提供的建筑材料质量不达标导致甲方损失的，乙方应承担相应损失。
乙方资质要求：
- 乙方应具备农村自建房施工的相应技术，是乡村建设工匠名录中的工匠或是具备相应资质的施工单位。
施工安全与环保：
- 乙方须对施工质量和安全负责，采取安全施工措施，遵守环境保护和安全生产的法律法规。
保修期限：
- 明确建设工程的最低保修期限，如基础设施工程、房屋建筑的地基基础工程和主体结构工程为设计文件规定的合理使用年限，屋面防水工程为5年等。
六、争议解决办法
友好协商：
调解或诉讼：
- 若协商不成，可将争议提交人民调解委员会调解或向房屋所在地人民法院起诉。
七、其他条款
合同份数与生效：
- 本合同一式三份，甲乙双方各执一份，建房审批时提交一份。合同自签订之日起生效。
补充合同：
- 如经过双方协商同意签订补充合同，补充合同与本合同具有同等法律效力。
在签订协议时，请务必确保所有条款均经过双方充分协商并达成一致意见，以避免后续纠纷。同时，建议咨询专业律师或相关机构以获取更具体的法律建议。