借款资金来源是公司合同的，合同是否有效需分情况讨论：
若借款合同本身合法合规，资金来源为公司合法收入：
- 在这种情况下，借款合同是双方真实意思的表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，因此合同是有效的。公司作为法人，有权以其合法收入进行借贷活动，只要该活动符合公司的经营范围和章程规定，且未损害公司、股东或债权人的利益，就应当受到法律保护。
若借款合同存在违法情形，或资金来源非法：
- 如果借款合同本身存在违法情形，如利率超过法定上限、借款目的非法等，或者资金来源非法，如挪用公司资金、洗钱等，那么该借款合同将是无效的。因为法律不会保护非法行为，也不会允许通过非法手段获取的利益得到法律认可。在这种情况下，借款人可能需要承担返还借款、赔偿损失等法律责任，而出借人（公司）也可能面临法律制裁。
若借款合同涉及公司高管或关联方，且存在利益冲突：
- 如果借款合同涉及公司的高管或关联方，且该借款行为可能损害公司或其他股东的利益，那么该合同可能因违反忠实义务或关联交易规定而无效。例如，公司高管利用职务便利，以公司名义为自己或关联方提供借款，且未经过正当程序审批，这种行为就可能构成利益冲突，导致合同无效。
法律建议：
- 在签订借款合同时，务必确保合同内容合法合规，明确借款金额、利率、还款期限等关键条款，并保留好相关证据，如转账记录、借款合同等。
- 如果借款资金来源于公司，应确保该资金是公司的合法收入，且借款行为符合公司的经营范围和章程规定。
- 如果借款合同涉及公司高管或关联方，应特别注意避免利益冲突，确保借款行为不会损害公司或其他股东的利益。如有必要，可以咨询专业律师进行合规审查。
可能法律后果：
- 如果借款合同无效，借款人可能需要返还借款本金及可能产生的利息（如果利息合法），并可能需要赔偿因合同无效给对方造成的损失。
- 如果借款行为涉及违法犯罪，如挪用资金、洗钱等，相关责任人还可能面临刑事处罚。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。