国有土地出让合同中的土地指标通常由自然资源部门（原国土资源部门）提供。具体分析如下：

1. 土地指标的规划与分配主体
   根据《土地管理法》及《城乡规划法》，土地利用总体规划、年度用地计划等指标由自然资源部门负责编制和分配。例如，新增建设用地指标需经省级自然资源部门审核后报国务院批准，再逐级分解至市、县自然资源部门。

2. 土地出让环节的指标核验
   在土地出让前，自然资源部门需确保拟出让地块符合土地利用总体规划、城市规划及年度用地计划，并核发《建设用地规划许可证》。此时，土地用途、容积率、建筑密度等指标已通过规划条件明确，并作为出让合同的附件。

3. 多部门协同的情形
   若土地涉及特殊用途（如环保、林业、水利等），需经相关主管部门前置审批。例如：

   • 涉及生态保护红线的，需生态环境部门出具意见；
     
   • 涉及林地转用的，需林业部门批准。
     但最终纳入出让合同的指标仍以自然资源部门统筹后的规划条件为准。

实务建议：若合同中指标与规划条件不符，可能引发违约风险。建议受让方在签约前要求出让方提供完整的规划审批文件，并核实指标来源的合法性。如有疑问，可直接向我咨询具体条款的审查要点。