当您发现欠对方公司的款项，而对方公司已经注销时，处理方式会根据具体情况有所不同。以下是我根据您的问题提供的详细解答：

1. 对方公司依法清算后注销：

   • 如果对方公司在注销前已经依法进行了清算，并且债权已经在清算过程中得到了处理，那么您可能需要根据清算方案或股东之间的约定来确定债权的归属和追偿方式。
   • 如果您在清算过程中未申报债权，那么可能视为您已经放弃了该债权，后续追款难度会较大。

2. 对方公司未经依法清算即注销：

   • 如果对方公司未经依法清算就办理了注销登记，那么您作为债权人，可以要求有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任。
   • 您需要收集合同、凭证等能够证明欠款关系的证据，先与这些责任主体进行协商，尝试通过协商方式解决还款问题。
   • 如果协商不成，您可以向法院提起诉讼，要求责任主体支付欠款。

3. 法律建议：

   • 在处理此类问题时，建议您首先确认对方公司的注销情况，包括是否进行了依法清算、清算过程中是否处理了您的债权等。
   • 如果您的债权未得到妥善处理，您应该及时采取措施，通过法律途径来维护自己的合法权益。
   • 同时，您也需要注意诉讼时效的问题，一般为三年，要及时主张权利，避免因为超过诉讼时效而丧失胜诉权。

总之，当您发现欠对方公司的款项而对方公司已经注销时，您需要根据具体情况来采取不同的处理方式。如果您需要进一步的法律帮助或咨询，请随时联系我，我会为您提供专业的法律建议和支持。