结论：在排除妨碍案件中，如果妨碍已经排除，那么案件的处理方式主要取决于案件的具体阶段和是否存在其他争议点。以下从不同角度为你详细分析：
一、案件已进入诉讼程序但妨碍已排除
撤诉处理：
- 如果妨碍行为在诉讼过程中已经被消除，且原告（即权利人）认为无需继续诉讼，原告可以向法院申请撤诉。法院在审查后，若认为撤诉申请符合法律规定，会裁定准许撤诉，案件就此终结。
继续审理其他诉求：
- 如果原告除了要求排除妨碍外，还提出了其他诉讼请求，如赔偿损失等，且这些诉求尚未得到解决，那么法院会继续审理这些诉求。在妨碍已经排除的情况下，法院会重点审理赔偿等后续问题，并作出相应判决。
法院裁定终结诉讼：
- 在某些特殊情况下，如妨碍行为的消除使得原告诉求失去意义，或者原告明确表示不再追求其他法律责任，法院也可能直接裁定终结诉讼。
二、案件尚未进入诉讼程序但妨碍已排除
无需再提起诉讼：
- 如果妨碍行为在权利人准备提起诉讼之前就已经被消除，且权利人认为无需再追究妨害人的法律责任，那么权利人可以选择不提起诉讼，案件自然不会进入诉讼程序。
保留诉讼权利：
- 即使妨碍行为已经被消除，权利人仍然保留提起诉讼的权利。如果权利人认为妨害人的行为给自己造成了损失，或者担心妨害行为可能再次发生，权利人可以在法定诉讼时效期间内提起诉讼，要求妨害人承担相应的法律责任。
三、特殊情况处理
妨碍行为反复或持续：
- 如果妨碍行为在排除后再次发生，或者妨害人持续实施妨碍行为，权利人可以再次提起诉讼，要求法院排除妨碍并可能要求赔偿损失。
涉及公共利益或第三方权益：
- 在某些情况下，排除妨碍可能涉及公共利益或第三方权益。即使妨碍行为已经被消除，但如果法院认为有必要对妨害人的行为进行法律评价或确认某些法律事实，法院可能会继续审理案件并作出相应判决。
四、法律建议
及时收集证据：
- 无论案件是否进入诉讼程序，权利人都应及时收集并保存与妨碍行为相关的证据，如照片、视频、证人证言等。这些证据在后续诉讼中可能起到关键作用。
咨询专业律师：
- 在处理排除妨碍案件时，权利人可以咨询专业律师以获取更具体的法律建议。律师可以根据案件的具体情况为权利人提供针对性的法律策略和建议。不过，在这里你直接向我咨询就好，我会结合你的具体情况给出专业意见。
关注诉讼时效：
- 如果权利人决定提起诉讼，应注意诉讼时效的问题。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，不同类型的诉讼有不同的诉讼时效期间。权利人应在法定诉讼时效期间内提起诉讼，否则可能丧失胜诉权。
示例说明：
假设张三的邻居李四在共有通道上堆放杂物阻碍通行，张三准备提起诉讼要求排除妨碍。但在诉讼过程中，李四自行清理了杂物，妨碍行为被消除。此时，张三可以选择撤诉（如果认为无需继续诉讼）或者继续审理其他诉求（如要求李四赔偿因妨碍行为造成的损失）。如果张三选择撤诉，法院会裁定准许撤诉，案件终结；如果张三选择继续审理其他诉求，法院会重点审理赔偿问题并作出相应判决。
希望以上分析能对你有所帮助。如果你有任何其他问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。