结论：合同上对方没有盖章但付了费用，合同是否有效需分情况讨论，不能一概而论。
分析：
合同成立与生效的基本原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的成立通常需要双方当事人的意思表示一致，即达成合意。在书面合同中，这通常表现为双方签字或盖章。然而，合同的成立并不完全依赖于签字或盖章，如果双方已经实际履行了合同的主要义务，且对方接受，那么合同也可以视为成立。
- 合同的生效则可能受到更多因素的影响，如合同内容是否合法、是否违反公序良俗等。在一般情况下，合同成立即生效，但法律另有规定或当事人另有约定的除外。
对方未盖章但已付款的情况：
- 如果合同本身不违反法律强制性规定：在这种情况下，即使对方没有在合同上盖章，但如果已经支付了费用，且这一支付行为被视为对合同内容的接受和履行，那么合同可以视为已经成立并生效。因为付款行为本身可以视为对方对合同内容的一种确认和接受。
- 如果合同存在违法或违反公序良俗的内容：即使对方已经付款，合同也可能因为内容违法或违反公序良俗而被认定为无效。在这种情况下，付款行为并不能使合同变得有效。
- 如果双方对合同效力有特别约定：例如，合同中明确规定了“本合同自双方签字盖章之日起生效”或类似条款，那么在这种情况下，即使对方已经付款，但如果未签字或盖章，合同也可能未生效。不过，如果双方已经以实际行为履行了合同的主要义务，且对方接受，那么根据《民法典》的相关规定，合同也可以视为已经成立并生效。
实际建议：
- 收集证据：如果面临这种情况，首先应当收集所有与合同相关的证据，包括合同文本、付款凭证、通信记录等，以证明双方之间的合意和实际履行情况。
- 协商解决：尝试与对方进行协商，看是否能够就合同的效力问题达成一致意见。如果能够达成一致，最好签订书面协议以确认。
- 法律途径：如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决争议。在这种情况下，建议咨询专业律师，以便更好地了解自己的权利和义务，并制定合适的诉讼策略。
总结与进一步思考：
合同上对方没有盖章但付了费用，合同是否有效取决于多种因素，包括合同内容是否合法、双方是否有特别约定以及实际履行情况等。因此，在处理这类问题时，需要综合考虑各种因素，并收集充分的证据来支持自己的主张。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。